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FASTQ到表达矩阵与差异分析工作流

共计 30 章节
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01
RNA-seq实验设计概述
生物学重复 · 测序深度 · 链特异性等基本概念
RNA-seq实验设计概述
02
FASTQ数据格式详解
质量值编码 · 序列标识 · 常见问题
FASTQ数据格式详解
03
数据质量控制
FastQC使用与结果解读
数据质量控制FastQC
04
数据预处理
Trimmomatic进行adapt…
数据预处理Trimmomatic
05
数据预处理
fastp一站式质控与过滤
数据预处理fastp
06
比对方法选择
STAR vs HISAT2 vs…
比对方法选择STAR
07
STAR比对器安装、索引构建与比对命令。
STAR比对器安装、索引构建与比对命令 · 核心概念 · 实践要点
STAR比对器安装
08
比对结果处理
SAMtools进行排序 · 索引和统计
比对结果处理SAMtools
09
基因定量基础
HTSeq-count的使用与计数原…
基因定量基础HTSeq-count
10
featureCounts定量
多线程 · 多层级汇总
featureCount…定量
11
Salmon定量
基于转录组的快速定量方法
Salmon定量
12
表达矩阵构建
合并样本计数 · 生成counts矩阵
表达矩阵构建合并样本计数
13
质量控制
主成分分析（PCA）与样本相关性热图
质量控制PCA
14
差异表达分析原理
负二项分布 · 多重假设检验校正
差异表达分析原理负二项分布
15
DESeq2差异表达分析
构建dds · 结果提取与可视化
DESeq2差异表达分析
16
edgeR差异表达分析
使用DGEList进行差异分析
edgeR差异表达分析
17
limma差异表达分析
voom变换与线性模型
limma差异表达分析
18
差异表达结果可视化
火山图 · MA图 · 热图
差异表达结果可视…火山图
19
富集分析
GO功能注释和KEGG通路分析
富集分析GO
20
多组比较与交互效应
design公式与对比矩阵
多组比较交互效应
21
批效应校正
ComBat与limma的remov…
批效应校正ComBat
22
基因融合检测
STAR-Fusion与Fusion…
基因融合检测STAR-Fusion
23
可变剪切分析
rMATS与SUPPA2
可变剪切分析rMATS
24
小RNA-seq分析简介
miRNA定量与靶基因预测
RNA-seq分析简介
25
单细胞RNA-seq定量入门
CellRanger与Seurat
RNA-seq单细胞
26
自动化流程
Snakemake构建可重复分析pi…
自动化流程Snakemake
27
自动化流程
Nextflow结合nf-core/…
自动化流程Nextflow
28
结果报告与可视化
R Markdown生成HTML报告
结果报告可视化
29
案例实战
肿瘤-正常配对样本差异表达分析全流程
案例实战肿瘤
30
常见问题与调试技巧
内存不足 · 比对率低 · 批次效应识别
常见问题调试技巧