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Nextflow FASTQ到VCF变异检测流水线

共计 30 章节
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01
FASTQ格式入门
文件结构 · 质量编码 · 常见格式问题
FASTQ格式入门
02
质量控制基础
FastQC原理与解读 · MultiQC聚合
质量控制基础FastQC
03
数据预处理
Trimmomatic/Cutada…
数据预处理Trimmomatic/…
04
Nextflow环境搭建
安装 · 配置文件 · 基础语法
Nextflow环境搭建
05
第一个Nextflow流程
Hello World · 理解process和channel
Nextflow第一个
06
Nextflow DSL2精髓
模块化设计 · 参数化process
NextflowDSL2
07
容器化实战
Docker/Singularfil… · 在流程中使用容器
容器化实战Docker/Singu…
08
配置文件管理
nextflow.config的作用… · 参数传递
配置文件管理nextflow.con…
09
流程整体设计
从FASTQ到VCF的模块拆分与数据…
流程整体设计FASTQ
10
数据通道构建
fromFilePairs · splitFasta · groupTuple等操作
数据通道构建fromFilePair…
11
质量控制在Nextflow中实现
FastQC process与输出收…
Nextflow质量控制
12
修剪过程实现
Trimmomatic proces…
修剪过程实现Trimmomatic
13
比对过程
BWA-MEM/Bowtie2 pr… · SAM输出
比对过程BWA-MEM/Bowt…
14
SAM/BAM处理
samtools view · sort · index process
SAM/BAM处理
15
去除PCR重复
Picard MarkDuplica…
PCR去除
16
碱基质量校正
GATK BaseRecalibra…
碱基质量校正GATK
17
单样本变异检测
GATK HaplotypeCall…
单样本变异检测GATK
18
多样本gVCF合并
GenomicsDBImport或C…
gVCF多样本
19
联合基因分型
GenotypeGVCFs生成原始V…
联合基因分型GenotypeGVCF…
20
VCF过滤与注释
VariantFiltration · SelectVariants · SnpEff
VCF过滤
21
VCF后处理
bcftools filter · 归一化 · 分离SNP/INDEL
VCF后处理
22
MultiQC集成
收集所有QC报告 · 生成汇总页面
MultiQC集成
23
流程参数化
定义参数文件 · 控制工具版本与阈值
流程参数化定义参数文件
24
错误处理与重试
Nextflow的errorStra… · maxRetries
错误处理重试
25
资源管理
CPU · 内存分配 · executor配置（local/s…
资源管理CPU
26
输出组织
PublishDir · 文件名模式 · 防止重复
输出组织PublishDir
27
测试与调试
-resume · -stub-run · log文件查看技巧
测试调试
28
最佳实践
参照nf-core模板 · 模块复用与单元测试
最佳实践nf-core
29
完整流程示例
从下载FASTQ到最终VCF的完整命…
完整流程示例FASTQ
30
总结与优化
性能调优 · 云部署 · Conda环境管理
优化性能调优