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Nextflow DSL2工作流开发与调试

共计 30 章节
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01
Nextflow简介与DSL2概述
Nextflow发展历程 · 与传统工作流管理器对比 · DSL2新特性概览
NextflowDSL2
02
安装与配置
Java环境要求 · Nextflow安装方法（手动 · Conda
安装配置
03
第一个Nextflow脚本
Hello World · 使用print或view输出 · 理解脚本结构
Nextflow第一个
04
DSL2核心概念详解
Process定义与语法 · Workflow定义与语法 · Channel的三种类型（value
DSL2核心概念详解
05
基础数据类型与值通道
字符串 · 数字 · 布尔值
基础数据类型值通道
06
通道操作符（上）
map · filter · flatMap
通道操作符map
07
通道操作符（下）
join · combine · cross
通道操作符join
08
输入与输出定义
input block（val · file · env
输入输出定义
09
文件通道与路径处理
fromPath · fromFilePairs · fromSRA
文件通道路径处理
10
脚本与命令
script block语法 · Shell多行命令 · 变量插值
脚本命令
11
参数化与配置文件
params关键字 · 命令行--参数 · 配置文件中定义参数
参数化配置文件
12
条件执行
when语句 · if/else在workflow中的… · 动态跳过Process
条件执行when
13
循环与迭代
for循环在workflow中的应用 · repeat操作符 · until条件循环
循环迭代
14
模块化与包含
include语句 · 模块文件组织 · 跨模块变量与函数的可见性
模块化包含
15
子工作流（Subworkflow）
定义与调用子工作流 · 参数传递 · 输出复用
Subworkflow子工作流
16
错误处理策略
errorStrategy（retr… · ignore · finish）
错误处理策略errorStrateg…
17
资源管理
cpus · memory · time
资源管理cpus
18
容器支持
Docker与Singularity… · 镜像拉取 · 容器内权限管理
容器支持Docker
19
Conda环境管理
conda directive · 环境文件指定 · 多环境切换
Conda环境管理
20
配置文件与Profiles
配置文件结构 · profile复用 · 多环境配置（开发/生产）
Profiles配置文件
21
发布与缓存
publishDir（模式 · 覆盖 · 打包）
发布缓存
22
执行跟踪与报告
workflow报告（trace · report · dag）
执行跟踪报告
23
事件监控与通知
email通知 · Slack/Webhook集成 · 自定义事件处理器
事件监控通知
24
云执行概述
AWS Batch配置与提交 · SPOT实例 · 存储与网络优化
云执行概述AWS
25
Google Life Sciences
Google Cloud Pipel… · 身份验证 · 批处理支持
GoogleLife
26
Kubernetes执行
K8s集群配置 · Pod资源要求 · 存储卷绑定
Kubernetes执行
27
实战案例1
RNA-seq差异表达分析流程——从…
实战案例1RNA-seq
28
实战案例2
胚系变异检测流程——BWA+GATK…
实战案例2BWA+GATK
29
实战案例3
单细胞RNA-seq预处理流程——C…
实战案例3RNA-seq
30
最佳实践与性能调优
流程设计模式 · 内存/CPU优化 · 错误恢复策略
最佳实践性能调优