VIP20
本课程属于：012-Nextflow生信工作流编排 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Nextflow跨环境配置与工作流运维

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Nextflow简介
什么是Nextflow · 核心概念（流程 · 进程
Nextflow简介
02
环境搭建
安装Nextflow · Java依赖 · 测试安装
环境搭建Nextflow
03
第一个Nextflow脚本
Hello World · 运行本地流程
Nextflow第一个
04
基础语法
进程定义 · 输入输出声明 · 脚本块
基础语法进程定义
05
通道（Channel）
创建通道 · fromPath · fromFilePairs
Channel通道
06
通道操作符
map · filter · flatMap
通道操作符map
07
流程组合
连接进程 · 多个输入输出 · 流程嵌套
流程组合连接进程
08
配置文件基础
nextflow.config · 参数定义 · 配置层级
配置文件基础nextflow.con…
09
环境变量和参数
params · env · 配置文件中的动态参数
环境变量参数
10
多环境配置概述
开发 · 测试 · 生产环境
多环境配置概述开发
11
本地执行环境
默认本地运行 · 资源分配 · 工作目录
本地执行环境默认本地运行
12
集群执行环境
SLURM · PBS · SGE等
集群执行环境SLURM
13
AWS Batch云环境
配置AWS Batch · IAM角色 · S3存储
AWSBatch
14
Kubernetes环境
配置K8s executor · 使用k8s运行流程
Kubernetes环境
15
容器支持
Docker和Singularity · 容器镜像拉取 · 配置container
容器支持Docker
16
模块化（DSL2）
模块定义 · include · workflow
DSL2模块化
17
模块参数和输入
模块的输入输出定义 · 参数传递
模块参数输入
18
工作流嵌套和调用
subworkflow · 模块组合
工作流嵌套调用
19
资源管理
cpus · memory · time
资源管理cpus
20
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · onError等
错误处理重试
21
日志与调试
nextflow log · .nextflow.log · 调试技巧
日志调试
22
监控与可视化
网页报告 · DAG图 · 资源使用
监控可视化
23
凭证和密钥管理
secrets · 安全配置
凭证密钥管理
24
配置条件与分支
环境敏感的配置 · if/switch
配置条件分支
25
版本控制与CI集成
Git · Jenkins · GitHub Actions与Nex…
CI版本控制
26
测试流程
stub模式 · 测试数据 · 单元测试
测试流程stub
27
最佳实践
目录结构 · 命名规范 · 注释
最佳实践目录结构
28
实战案例（一）
RNA-seq分析流程 · 多环境部署
实战案例RNA-seq
29
实战案例（二）
WGS变异检测流程 · 不同集群配置
实战案例WGS
30
总结与进阶
社区资源 · Nf-core项目 · 自定义插件
进阶社区资源