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本课程属于：011-MaxQuant蛋白质组定量 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MaxQuant质谱RAW导入与检索结果验证

共计 30 章节
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01
课程介绍与预备知识
了解本课程目标 · 适用人群和所需基础
课程介绍预备知识
02
MaxQuant软件概述
什么是MaxQuant · 主要功能与应用场景
MaxQuant软件概述
03
系统要求与软件安装
操作系统 · 硬件要求及安装步骤
系统要求软件安装
04
下载MaxQuant和依赖组件
获取最新版MaxQuant及.NET…
MaxQuant下载
05
首次启动与界面介绍
启动MaxQuant · 认识主界面布局
首次启动界面介绍
06
理解RAW文件格式
Thermo RAW文件的结构与特点
RAW理解
07
准备原始数据文件
数据采集注意事项与文件整理
准备原始数据文件数据采集注意事项
08
创建实验设计文件（Experimental Design）
设计文件格式与填写方法
ExperimentalDesign
09
分组与标签设定
设置样本分组 · 标签类型（TMT · iTRAQ等）
分组标签设定
10
参数文件介绍
了解参数文件的作用与加载方式
参数文件介绍了解参数文件的作…
11
全局参数设置（Global Parameters）
通用参数如输出目录 · 线程数
GlobalParameters
12
组特异性参数设置（Group-specific Parameters）
不同组别的特殊参数
Group-specif…Parameters
13
酶切与可变修饰设置
选择蛋白酶 · 允许的可变修饰
酶切可变修饰设置
14
固定修饰与定量方法
固定修饰设定及定量策略
固定修饰定量方法
15
数据库选择与下载
从UniProt等数据库下载蛋白质序…
数据库选择下载
16
数据库路径配置
在MaxQuant中指定数据库文件位…
数据库路径配置MaxQuant
17
搜索结果过滤参数
设置FDR · 肽段长度 · PSM过滤等
搜索结果过滤参数FDR
18
蛋白质定量算法选择
LFQ · iBAQ · MaxLFQ等原理与选择
蛋白质定量算法选…LFQ
19
运行MaxQuant – 单次分析
启动任务 · 监控进度
MaxQuant运行
20
多批次运行与合并
如何同时处理多个RAW文件或合并结果
多批次运行合并
21
监控运行进度与日志
查看运行状态 · 理解日志输出
监控运行进度日志
22
常见错误排查
内存不足问题及解决方案
常见错误排查内存不足问题
23
常见错误排查
数据库格式或路径错误
常见错误排查数据库格式或路径…
24
常见错误排查
RAW文件损坏或不兼容
常见错误排查RAW
25
结果文件解读 – evidence.txt
证据列表文件结构及关键列
evidence.txt结果文件解读
26
结果文件解读 – proteinGroups.txt
蛋白质簇文件解析
proteinGroup…结果文件解读
27
结果文件解读 – peptides.txt
肽段水平结果
peptides.txt结果文件解读
28
结果文件解读 – summary.txt
总结统计信息
summary.txt结果文件解读
29
数据质量控制与评估
评估鉴定数量 · 重复性 · 异常样本
数据质量控制评估
30
高级技巧
将MaxQuant结果导入Perse…
高级技巧MaxQuant