3. 系统要求与软件安装：操作系统、硬件要求及安装步骤
好，咱们开始聊点实际的。你手里拿着一堆 RAW 文件，软件也下好了，但双击安装包之前——我建议你先停一下。这步要是走错了，后面全是坑。
说白了，MaxQuant 不是什么轻量级小工具。它后台跑的是复杂的信号处理、肽段匹配和定量算法。你拿一台普通办公本去跑，我试过，等到第二天早上它还在「searching...」——那滋味不好受。
3.1 硬件要求：别让你的电脑拖后腿
先说说硬件。这直接决定你能不能跑完一个项目，而不是跑到一半崩掉。
| 组件 | 最低配置 | 推荐配置 | 我的备注 |
|---|---|---|---|
| CPU | 4 核 8 线程 | 8 核 16 线程或更高 | 算肽段时每个线程都很重要 |
| 内存 (RAM) | 16 GB | 32 GB 或 64 GB | 我 32GB 跑 12 个样品偶尔会卡 |
| 存储 | 500 GB HDD | 1 TB NVMe SSD | 读写速度直接影响索引构建 |
| GPU | 无需 | 可选（不强制） | MaxQuant 几乎不用 GPU |
内存是最容易忽视的。我在项目中遇到过，一个研究生用 8GB 内存跑 6 个 TMT 标记样品，结果一晚上崩了三次。为什么？因为 MaxQuant 在 identification 阶段会把整个谱图数据都加载到内存里。你想想看，16GB 刚够用，32GB 才叫舒服。
3.2 操作系统：选择比努力重要
嗯，这里要注意。MaxQuant 是纯 .NET 框架下的 Windows 原生应用。它不支持 macOS 和 Linux 原生运行。
- Windows 10（64 位，版本 1809 以上）：我当前的主力系统，非常稳定。
- Windows 11（64 位）：完全兼容，界面更现代。
- Windows Server 2019/2022：适合服务器端批量跑任务，但日常不推荐。
- macOS / Linux：必须通过虚拟机或 Wine 运行，但性能损失明显。
我个人习惯用 Windows 10 专业版，原因很简单：很多质谱仪的控制软件也是在这个系统上认证的。你想省事，就跟着设备走。
3.3 软件安装：一步步来，别跳步骤
安装本身不难，但顺序错了可能会报一些莫名其妙的依赖错误。我按我自己的顺序写给你，你跟着走就行。
3.3.1 安装 .NET Framework
MaxQuant 是基于 .NET Framework 4.8 开发的。Windows 10/11 系统通常自带，但最好确认一下。
# 检查 .NET 版本（在 PowerShell 里运行）
reg query "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\NET Framework Setup\NDP\v4\Full" /v Release
# 如果返回的 Release 值低于 528040，需要手动下载安装
# 下载地址：https://dotnet.microsoft.com/download/dotnet-framework/net483.3.2 安装 Java Runtime Environment（JRE）
MaxQuant 的 peptide search 模块依赖一些 Java 组件，比如 Andromeda 引擎的一部分。
# 下载 JRE 8（64 位）
# 下载地址：https://www.java.com/en/download/
# 安装完成后验证
java -version
# 应该显示类似：java version "1.8.0_321"注意，不要装 JDK，装 JRE 就够了。我曾经见过有人装成 32 位版本，导致 MaxQuant 直接无法启动——因为 32 位 JRE 不能处理超过 2GB 的内存分配。
3.3.3 安装 MaxQuant
这是核心步骤。从官网下载最新稳定版（目前是 2.5.x 系列）。
# 安装步骤
1. 解压 MaxQuant_2.5.x.x.zip 到纯英文路径下
例如：C:\MaxQuant\ （不要放在桌面或带中文的文件夹）
2. 进入 MaxQuant 文件夹，双击 MaxQuant.exe
3. 首次启动会生成配置文件和缓存，耐心等 1-2 分钟
4. 启动成功后界面显示主窗口即完成3.3.4 可选：安装 Miniconda（用于后续分析）
虽然不是 MaxQuant 必需，但我建议你顺手装一个。很多后期数据筛选、质控可视化都会用到 Python。
# 下载 Miniconda（Windows 64 位）
# 地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
# 安装时勾选「Add Miniconda to my PATH environment variable」
# 安装完成后验证
conda --version
# 应该显示类似：conda 23.11.03.4 知识结构图：这一章的核心逻辑
我把这一章的思路画成了一张流程图，这样你一眼就能看出准备工作要覆盖哪些环节。
3.5 环境验证：装没装对，跑一下就知道
安装完成后，不要急着导入数据。先做一次完整的启动测试。
# 验证步骤清单
1. 双击 MaxQuant.exe，观察是否出现主窗口
2. 检查右下角状态栏是否有「Ready」字样
3. 尝试加载一个小的测试 RAW 文件（MGF 或 .raw 格式）
4. 点击「Run」按钮，观察日志窗口是否开始输出进度
5. 如果以上都正常，说明安装成功