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MaxQuant蛋白定量参数配置与批量执行

共计 30 章节
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01
MaxQuant简介与安装
软件发展历史 · 应用场景 · 系统要求
MaxQuant简介
02
数据准备
raw文件格式说明 · 实验设计表（experimental…
数据准备raw
03
全局参数概览
主界面功能分区 · 常用参数组（Global Param… · Group-specific Par…
全局参数概览主界面功能分区
04
序列库准备
数据库文件格式（FASTA） · 常见数据库（UniProt · Swiss-Prot）下载
序列库准备FASTA
05
酶切参数设置
酶的类型选择（Trypsin · LysC等） · 最大漏切位点（Max Missed…
酶切参数设置Trypsin
06
固定与可变修饰配置
常见修饰（Oxidation(M) · Acetyl(Protein N-t… · 自定义修饰添加方法
固定可变修饰配置
07
母离子质量精度（Precursor mass tolerance）
单位选择（ppm/Da） · 值设定原则 · 不同质谱仪的建议值
Precursormass
08
碎片离子质量精度（Fragment mass tolerance）
与母离子精度的区别 · FTMS与ITMS场景下的典型值
Fragmentmass
09
过滤参数
最小肽段长度（Min. peptid… · 最小unique肽段数（Min. u… · 最低评分阈值
过滤参数Min
10
蛋白质鉴定与定量参数
蛋白质组学定量类型选择（LFQ · TMT · iTRAQ
蛋白质鉴定定量参数
11
LFQ（Label-Free Quantification）参数
Normalization type · Protein quantifica… · LFQ minimum ratio…
LFQLabel-Free
12
TMT/iTRAQ标签定量参数
Reporter mass tole… · Type of reporter i… · 纠正因子（Correction fa…
TMT/iTRAQ标签定量参数
13
SILAC（稳定同位素标记）参数
Medium/Light label… · Arg/Lys标记模式 · 多重定量配置
SILAC稳定同位素标记
14
峰值检测与数据处理
Centroid与Profile模式… · TopX参数 · MS/MS采信标准
峰值检测数据处理
15
保留时间对齐（Retention time alignment）
Alignment window · Alignment type · Stabilization参数调优
Retentiontime
16
匹配在运行之间（Match between runs）
启用条件 · Match time window · Match ion mobility…
Matchbetween
17
标准化与纠偏参数
Normalization mode… · Scale normalizatio… · Quantile normaliza…
标准化纠偏参数
18
结果输出格式
输出文件清单（parameters.… · evidence.txt · peptides.txt等）
结果输出格式parameters
19
计算资源设置
多线程数量（Threads） · 内存上限（Max memory us… · CPU优先级调整建议
计算资源设置Threads
20
解读关键输出文件
parameters.txt（记录所… · evidence.txt（谱匹配证据… · proteinGroups.txt（…
解读关键输出文件parameters.t…
21
高级选项
Decoy mode（靶标-诱饵策略… · Recalibration（校准） · Dependency-based m…
高级选项Decoy
22
FDR（错误发现率）控制
PSM-level FDR · Protein-level FDR · 常用阈值（0.01/0.05）
FDR错误发现率
23
批次效应校正参数
允许批内对齐 · 批次标签设定 · Correction方法（Rever…
批次效应校正参数允许批内对齐
24
与下游工具的接口
Perseus · DEP · MSstats的输入格式要求
下游工具的接口Perseus
25
日志分析与常见错误
日志文件常见字段（Err · Warn · Info）
日志分析常见错误
26
配置文件模板化
导出/导入配置文件（xml） · 团队共享模板的最佳实践
配置文件模板化xml
27
脚本与批量配置
使用命令行调用MaxQuant · 参数批量生成工具（如R/Python…
脚本批量配置
28
实战案例
提高鉴定数——通过调整精度 · 修饰组合 · 漏切位点数实现
实战案例提高鉴定数
29
实战案例
提高定量准确度——优化匹配窗口 · 归一化方法 · FDR阈值
实战案例提高定量准确度
30
综合实践
从小型（3个样本）到大型（48个样本…
综合实践从小型