数据准备：raw 文件格式说明与实验设计表填写规范
做质谱数据分析，第一步不是打开 MaxQuant，而是先把原始数据理清楚。我见过不少新手，参数配得漂漂亮亮，结果导入 raw 文件就报错——为什么？文件格式不对，或者实验设计表写错了。今天就专门聊聊这两件事。别看基础，踩坑的人可不少。
raw 文件格式：它到底是个什么东西？
Thermo Fisher 的质谱仪（Orbitrap、Q Exactive 系列）产生的原始数据就是 .raw 格式。说白了，这是一个二进制容器，里面存着质谱扫描的完整记录：谱图、强度、保留时间、离子信息等等。MaxQuant 只认 .raw，别拿 .mzXML、.mzML 或者 .wiff 直接往里塞——虽然它也能转，但那不是它亲生的，兼容性不好。
曾经有个项目，合作方把 Bruker 的 .d 文件夹直接改后缀名为 .raw 发过来，我解压半天报错。嗯，这里要注意：不同厂家的格式不能互通，MaxQuant 设计之初就是为 Thermo 数据服务的。如果你用 Bruker 或 SCIEX，需要先用对应工具转成 .mzML 再导入。
关于 raw 文件的一些关键点：
- 命名规范：文件名不要包含空格、中文或特殊符号。我用下划线分隔条件，比如
Control_01.raw、Treated_02.raw。 - 完整性：采集过程中如果仪器断电或异常终止，raw 文件可能损坏。建议采集完后用 Thermo RawFileReader 工具跑一遍校验。
- 大小：一个 60 分钟梯度、高分辨率的 raw 文件通常 500MB～2GB，太小的文件可能丢失扫描信息。
我个人习惯：把同一批实验的 raw 文件放在一个文件夹里，文件夹名用项目名+日期。这样导入 MaxQuant 时直接选文件夹，省事又不容易漏。
实验设计表（experimental design template）——最重要的“地图”
实验设计表是一个 .txt 文件，告诉 MaxQuant 每个 raw 文件对应哪个实验条件、哪个组、哪个样本。如果没有这个表，软件只能当成所有文件来自同一组处理——那结果就没意义了。你想想看，连对照组和处理组都分不清，后面差异分析怎么做？
表的结构很简单，一般三列：
| 列名 | 说明 | 示例 |
|---|---|---|
| Experiment | 实验条件/组名，自定义字符串。相同实验名的 raw 文件会被合并定量。 | Control, Treatment_High |
| Fraction | 分级编号（没有分级填 1）。如果同一样本做了多个分级，分数填 1,2,3… | 1, 2 |
| PTM | 翻译后修饰类型（可选，不填留空或写 Unmod） |
空, Phospho, Acetyl |
举个例子，假如你有 4 个 raw 文件：
Control_1.raw
Control_2.raw
Treatment_1.raw
Treatment_2.raw实验设计表应该长这样：
Experiment Fraction PTM
Control 1 Unmod
Control 2 Unmod
Treatment 1 Unmod
Treatment 2 Unmod注意：表头是列名，分隔符我建议用 Tab，不要用逗号或空格。MaxQuant 默认按 Tab 解析，用别的容易出问题。
填写规范：避坑指南
我曾经在一个项目中，把 Experiment 列写成了“Control-1”、“Control-2”这种带数字的字符串，结果 MaxQuant 把它们当成不同的实验组，浪费了一天时间检查。记住：Experiment 列只写条件名称，不要混入样本编号或技术重复标记。
几个需要牢记的规则：
- raw 文件全名必须与第一列匹配：表里的文件名不需要扩展名
.raw，但要和实际文件名的主名一致（包括大小写）。 - 不同分级必须写不同 Experiment：如果你做了 TMT 多组分，每个通道写一行，Experiment 名可以写
Sample_A_126之类，只要你能区分。 - 空值处理：PTM 列可以不填，但不要写
NULL或留空格，直接留空即可。 - 行数必须等于 raw 文件数：少一行或多一行，MaxQuant 会报错或忽略部分文件。
核心流程：raw 文件→实验设计表→MaxQuant
下面这张图概括了你今天要记住的链路：
我在实际项目中常常遇到一种情况：同一批处理样本，用了两个不同批次的 raw 文件，命名规则不同——有的叫 20230501_A.raw，有的叫 B_Rep1.raw。这没问题，只要实验设计表里填的字符串和文件名主名一致，MaxQuant 都能认。关键是你自己要能看懂，便于后续排查。
实操步骤：从零建好实验设计表
- 收集 raw 文件列表：用
ls *.raw（Linux/Mac）或dir *.raw /b（Windows）列出所有文件名，去掉扩展名。 - 创建空白 txt 文件：用 Notepad++ 或 VSCode，不要用 Windows 记事本（它会偷偷加 BOM，导致解析错误）。我习惯用
vim或nano。 - 第一行写标题：
Experiment\tFraction\tPTM（Tab 分隔）。 - 逐行填写：每个 raw 文件一行，前三列对应。如果没做分级，Fraction 全写
1；没做修饰，PTM 留空。 - 保存为
experimentalDesignTemplate.txt，编码选 UTF-8 without BOM。 - 检查：用以下命令快速验证行数是否匹配：
# 查看 raw 文件数
ls *.raw | wc -l
# 查看实验设计表行数（除去表头）
tail -n +2 experimentalDesignTemplate.txt | wc -l这两个数字必须一样，否则回去改表。
重点记住：实验设计表就是 MaxQuant 的地图。地图画错了，后面所有分析结果都是错的。多花 10 分钟核对，能省下后面一整天排查时间。
最后，我提一嘴关于 raw 文件的“元数据”。你可以在 Thermo 的 RawFileReader 里查看采集参数：质量分辨率、扫描次数、离子注入时间等。这些信息对后期参数配置有帮助，比如你知道分辨率是 120k，那后面主参数 First search tolerance 可以设 20 ppm，Main search tolerance 设 4.5 ppm。嗯，这些内容后面章节会细讲，现在你只需要知道 raw 文件里藏着这些信息就行。