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MaxQuant细胞蛋白定量与结果分析

共计 30 章节
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01
蛋白质组学定量概述
介绍LC-MS/MS原理 · 标记定量与无标记定量的基本概念
蛋白质组学定量概…LC-MS/MS
02
MaxQuant简介
MaxQuant的发展历史 · 核心功能定位 · 与ProteomeDiscovere…
MaxQuant简介
03
实验设计要点
从细胞培养 · 裂解 · 酶解
实验设计要点从细胞培养
04
原始数据格式
RAW文件结构 · 谱图类型 · 峰列表以及如何查看元信息
原始数据格式RAW
05
计算环境搭建
Windows/Linux/Mac下… · Java等）的安装与验证
计算环境搭建Windows/Linu…
06
MaxQuant安装与配置
下载 · 版本选择 · 安装路径及环境变量设置
MaxQuant安装
07
参数文件结构
全局参数 · 组参数 · 酶切参数
参数文件结构全局参数
08
定量策略选择
iBAQ · LFQ · TMT
定量策略选择iBAQ
09
原始数据处理流程
峰检测 · 质量校准 · 保留时间对齐（RT alignmen…
原始数据处理流程峰检测
10
数据库搜索原理
目标-诱饵库构建 · FDR控制策略（peptide-le…
数据库搜索原理目标
11
搜库参数详解
母离子容差 · 碎片容差 · 酶切特异性
搜库参数详解母离子容差
12
定量算法解析
Intensity计算 · Ratio比值 · Normalization（如LFQ…
定量算法解析Intensity
13
输出文件解读
evidence.txt · peptides.txt · proteinGroups.txt
输出文件解读evidence.txt
14
质量控制指标
肽段质量分布 · 保留时间宽度 · 鉴定数目
质量控制指标肽段质量分布
15
缺失值处理策略
保留缺失值 · 全局最小值填充 · 基于正态分布的插补
缺失值处理策略保留缺失值
16
统计分析基础
T检验（双样本 · 配对） · ANOVA
统计分析基础T检验
17
差异蛋白筛选
P值多重假设检验矫正（Bonferr… · BH） · fold change阈值设定
差异蛋白筛选Bonferr
18
功能富集分析
GO（Gene Ontology） · KEGG通路 · GSEA算法的输入格式与工具
功能富集分析GO
19
可视化实战
热图 · PCA · 散点图
可视化实战热图
20
批处理与工作流
使用MaxQuant的mqpar.x…
批处理工作流
21
常见故障排除
内存溢出 · 搜库中断 · 定量偏差过大的诊断与修复方法
常见故障排除内存溢出
22
性能优化技巧
多线程设置 · 内存分配 · 索引加速
性能优化技巧多线程设置
23
多组实验对比
批次效应校正（ComBat · limma） · 合并分析的注意事项
多组实验对比ComBat
24
MaxQuant与Perseus集成
Perseus的数据导入 · 归一化 · 统计检验和聚类
MaxQuantPerseus
25
方法报告生成
如何从MaxQuant日志中提取参数…
方法报告生成MaxQuant
26
数据提交与共享
向PRIDE · MassIVE · iProX提交RAW文件和结果文件的…
数据提交共享
27
单细胞蛋白质组学挑战
低样本量 · 超低丰度蛋白的检测与定量策略
单细胞蛋白质组学…低样本量
28
细胞级定量特殊考量
细胞计数准确性 · 裂解效率 · 去污剂对质谱的干扰
细胞级定量特殊考…细胞计数准确性
29
案例实战
从RAW文件下载到差异蛋白筛选的完整…
案例实战RAW
30
总结与展望
MaxQuant未来更新方向 · 深度学习（AlphaPept等）对定…
MaxQuant未来更新方向