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细胞样本MaxQuant蛋白定量与差异分析

共计 30 章节
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01
蛋白质组学与定量技术概览
质谱原理 · 标记定量与非标记定量 · MaxQuant定位
蛋白质组学定量技术概览
02
MaxQuant软件介绍与版本选择
功能模块 · 版本差异 · 系统要求
MaxQuant软件介绍
03
MaxQuant安装与配置
Windows/Linux安装 · Java环境 · 内存与线程设置
MaxQuant安装
04
RAW数据获取与格式理解
Thermo RAW文件 · MGF · mzML格式对比
RAW数据获取
05
实验设计基础
分组方案 · 生物学重复与技术重复 · 内标与归一化
实验设计基础分组方案
06
参数配置文件mqpar.xml结构详解
全局参数 · 分组参数 · 序列参数
mqpar.xml参数配置文件
07
酶切参数设定
Trypsin · LysC · ArgC等酶的选择
酶切参数设定Trypsin
08
修饰参数配置
固定修饰(Carbamidometh… · 可变修饰(Oxidation · Acetyl)等
修饰参数配置Carbamidomet…
09
数据库选择与准备
UniProt下载 · 物种特异性 · 污染库添加
数据库选择准备
10
FDR控制原理与MaxQuant实现
PSM FDR · 蛋白FDR · Site FDR
FDRMaxQuant
11
定量方法选择与配置
LFQ(非标) · TMT(标记) · SILAC(标记)参数差异
定量方法选择配置
12
高级参数优化
First search精度 · Second search · 多线程并行策略
高级参数优化First
13
运行MaxQuant搜索
命令行与图形界面操作 · 进度监控
MaxQuant运行
14
搜索日志解读与常见错误排查
内存溢出 · 数据库格式 · 缺失参数
搜索日志解读常见错误排查
15
结果文件夹结构解析
combined · txt · evidence
结果文件夹结构解…combined
16
evidence.txt详解
主要肽段定量列 · 强度 · 信噪比
evidence.txt主要肽段定量列
17
proteinGroups.txt详解
蛋白质分组 · 定量值 · 唯一肽段数
proteinGroup…蛋白质分组
18
peptides.txt与modificationSpecificPeptide
修饰肽段信息
peptides.txtmodification…
19
summary.txt质量控制指标
MS2鉴定数 · 蛋白数 · 缺失比例
summary.txt质量控制指标
20
利用Perseus进行统计分析
数据过滤 · 归一化 · T检验
Perseus利用
21
差异蛋白筛选与可视化
火山图绘制 · 热图聚类 · 条形图
差异蛋白筛选可视化
22
富集分析实践
利用DAVID/FunRich对差异… · KEGG富集
富集分析实践DAVID/FunRic…
23
Python读取MaxQuant输出
pandas解析txt文件 · 合并汇总
PythonMaxQuant
24
Python质量评估
CV分布 · 密度图 · 缺失值模式（missing patt…
Python质量评估
25
缺失值处理算法
KNN · SVD · 最小值填充及其在Python中的实现
缺失值处理算法KNN
26
数据归一化方法
总强度归一化 · 中位数归一化 · MaxLFQ原理
数据归一化方法总强度归一化
27
多组实验比较与批次效应校正
ComBat · Limma在Python中的调用
多组实验比较批次效应校正
28
自动化Pipeline构建
Snakemake或Nextflow…
Pipeline自动化
29
结果报告生成
markdown报告 · 交互式Dashboard（Plotl…
结果报告生成markdown
30
完整案例实战
从一组细胞样本RAW文件出发 · 得到差异蛋白列表与富集结果
完整案例实战RAW