3、MaxQuant 安装与配置

MaxQuant 这个软件，说白了一点也不复杂——就是个 Java 写的 GUI 工具，但它对系统环境有点小脾气。我刚开始用的时候，就因为 Java 版本不对，折腾了一下午。这一章咱们就把它装好，调顺。Windows 和 Linux 我都会讲，你自己看情况选。嗯，开始吧。

3.1 Java 环境准备

MaxQuant 依赖 Java 8。注意，是 Java 8，不是 11 也不是 17。我见过有人装了 Java 11，打开就报错，还以为是软件坏了。Java 8 请用 Oracle JDK 或 AdoptOpenJDK (现在叫 Adoptium)，OpenJDK 也行。我个人推荐 Adoptium，长期维护，没乱七八糟的许可问题。

Windows 上安装 Java 8

• 从 Adoptium 官网下载 jdk8u 的 msi 安装包，选 x64。
• 一路下一步，记住安装路径，比如 C:\Program Files\Eclipse Adoptium\jdk-8.0.xxx。
• 配置 JAVA_HOME 环境变量。
• 将 %JAVA_HOME%\bin 添加到 Path。

配置完打开 cmd，输入下面的命令验证：

java -version

应该看到类似这样的输出，版本号是 1.8.0_xxx：

java version "1.8.0_392"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_392-b08)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.392-b08, mixed mode)

Linux 上安装 Java 8

我用 Ubuntu 最多，CentOS 也类似。先更新包索引：

sudo apt update
sudo apt install openjdk-8-jdk

安装完检查版本：

java -version

如果系统里已有其他 Java 版本，用 update-alternatives 切换：

sudo update-alternatives --config java

选对应 Java 8 的编号。我自己会在 ~/.bashrc 里加一行：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

3.2 下载与安装 MaxQuant

去 MaxQuant 官网（www.maxquant.org）下载最新版。目前稳定版是 2.5 系列。你下载的是一个 zip 压缩包，大概 200 MB。解压就行，不需要安装程序。

Windows 用户：解压到 D:\MaxQuant 或 C:\MaxQuant，路径不要有中文和空格。文件夹里面有两个核心文件：

• MaxQuant.exe —— 图形界面启动器
• MaxQuantCmd.exe —— 命令行版本，用于服务器或集群

Linux 用户：同样解压到 /opt/MaxQuant，给执行权限：

unzip MaxQuant_2.5.12.0.zip -d /opt/MaxQuant
chmod +x /opt/MaxQuant/*.exe

注意，Linux 下 .exe 其实是 Mono 或 Wine 的？不，MaxQuant 的 .exe 是跨平台的吗？这里有个坑：MaxQuant 官方只提供了 Windows 可执行文件。Linux 上跑需要借助 Mono（一个 .NET 框架的开源实现）。我自己的 Linux 工作站就是这么用的。

在 Ubuntu 上安装 Mono：

sudo apt install mono-complete

然后运行：

mono /opt/MaxQuant/MaxQuantCmd.exe

就能看到命令行帮助。

3.3 内存与线程设置

MaxQuant 默认只分配 4 GB 内存，2 个线程。这在现代服务器上简直是浪费。你想想看，我们一个典型的细胞样本磷酸化定量，跑个 10 个 fraction 就需要 32 GB 内存起步。我一般会调成 8 线程、32 GB 内存，具体看你机器配置。

内存和线程通过修改 启动脚本 或 批处理文件 来控制。Windows 下找到 MaxQuant.exe 同目录下的 MaxQuant.bat（也许叫 MaxQuant_gui.bat）。打开它，找到类似这样的启动命令：

java -jar MaxQuant.jar

改成：

java -Xms16g -Xmx32g -XX:+UseG1GC -jar MaxQuant.jar

• -Xms 初始堆大小，我设为 16 GB。
• -Xmx 最大堆大小，设为物理内存的 75% 左右，留点给系统和其他进程。
• -XX:+UseG1GC 使用 G1 垃圾回收器，适合大内存场景。

如果是命令行模式（比如跑在服务器上），修改 MaxQuantCmd.bat 或直接用 mono 带参数运行：

mono --runtime=v4.0.30319 MaxQuantCmd.exe --mem=32G --threads=8

注意：Linux 下内存参数是 --mem，Windows 下通过 Java 的 -Xmx 设定。你也可以在 MaxQuant 的 GUI 界面里设置：Settings → Advanced → Memory。但我习惯直接改启动脚本，避免每次重设。

3.4 验证安装

装完别急着跑实际数据。先跑个测试——MaxQuant 官方提供了一个 test folder（在安装包里），里面是几个小的 raw 文件和参数模板。我们用它验证环境。

Windows 命令行验证：

MaxQuantCmd.exe %MaxQuant_HOME%\test\test.xml

Linux 命令行验证：

mono /opt/MaxQuant/MaxQuantCmd.exe /opt/MaxQuant/test/test.xml

应该看到日志输出，最后显示 Processing finished successfully。如果没有报错，说明 Java、Mono、内存设置都对。

常见错误及解决：

下面这张图总结了我们整个安装配置流程：