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Snakemake多组学整合工作流复用与调度

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
什么是Snakemake · 工作流管理系统的概念 · Snakemake与其他工具的比较
Snakemake简介
02
安装与配置
pip安装 · conda安装 · 验证安装
安装配置
03
第一个Snakefile
规则结构 · 目标规则 · 运行snakemake命令
Snakefile第一个
04
规则与执行
input · output · run
规则执行
05
通配符基础
通配符机制 · {sample}等通配符 · 文件名匹配
通配符基础通配符机制
06
通配符进阶
expand函数 · 多通配符 · 跨文件匹配
通配符进阶expand
07
配置文件
config字典 · configfile加载YAML/J… · 命令行覆盖config
配置文件config
08
参数化规则
params指令 · 传递变量到shell/run
参数化规则params
09
日志与检查点
log指令 · checkpoint机制 · 从检查点恢复
日志检查点
10
报告生成
内置报告功能 · 生成HTML报告 · 报告自定义
报告生成内置报告功能
11
集群执行
--cluster参数 · 集群配置 · qsub
集群执行cluster
12
作业调度属性
threads · resources · priority
作业调度属性threads
13
Conda环境
--use-conda · environment.yaml · 环境隔离
Conda环境
14
容器集成
--use-singularity · Docker/Singularity… · 容器内执行
容器集成use-singular…
15
模块化工作流
include语句 · 多文件组织 · 复用Snakefile
模块化工作流include
16
子工作流
调用其他Snakefile · 嵌套工作流
子工作流Snakefile
17
DAG可视化
dag · dag.svg · dag.pdf
DAG可视化
18
条件与触发
onstart · onsuccess · onerror
条件触发
19
自定义函数
在Snakefile定义Python… · lambda · 辅助函数
自定义函数Snakefile
20
调试与测试
dry-run · --lint · --quiet
调试测试
21
并行执行
--cores · --jobs · 并行策略
并行执行cores
22
缓存与持久化
--cache · shadow规则 · 避免重复计算
缓存持久化
23
版本控制与可重复
与Git结合 · 锁定环境 · 使用lock文件
版本控制可重复
24
与数据库集成
调用SQLite/MySQL · 在规则中查询写入
数据库集成SQLite/MySQL
25
高级通配符
正则表达式通配符 · 有限通配符 · 通配符约束
高级通配符正则表达式通配符
26
批量处理
batch指令 · --batch选项 · 分批提交
批量处理batch
27
动态输入函数
lambda输入 · 根据配置动态选择文件
动态输入函数lambda
28
动态输出与检查点
输出元组 · checkpoint动态产生文件
动态输出检查点
29
性能调优
profile配置 · --latency-wait · 资源监控
性能调优profile
30
实战案例
构建一个完整生信分析流程（fastq… · 最佳实践总结
实战案例fastq