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本课程属于：007-多组学数据整合管线 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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微生物组多组学整合管线项目实战

共计 30 章节
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01
第1节
课程介绍与背景 · 常见数据类型（16S/宏基因组/宏转… · 整合分析的目标
第1节课程介绍
02
第2节
环境与工具准备 · Conda环境搭建 · 安装常用生物信息软件（QIIME2
第2节环境
03
第3节
16S扩增子分析基础 · Trimmomatic） · OTU/ASV聚类（DADA2
第3节16S扩增子分析…
04
第4节
宏基因组分析基础：鸟枪法测序数据质控 · 去宿主污染 · 组装（MEGAHIT
第4节宏基因组分析基础
05
第5节
宏转录组分析基础 · 比对（HISAT2 · Bowtie2）
第5节宏转录组分析基础
06
第6节
宏蛋白组分析基础：质谱数据处理 · 肽段鉴定（MaxQuant · MSGF+）
第6节宏蛋白组分析基础
07
第7节
代谢组学分析基础 · MZmine） · 峰对齐
第7节代谢组学分析基础
08
第8节
多组学数据整合策略概述 · 批次效应校正（ComBat · limma）
第8节多组学数据整合策…
09
第9节
数据预处理与质量控制统一流程 · 归一化 · 批次校正实操
第9节数据预处理
10
第10节
基于相关性的整合分析 · Cytoscape可视化 · 模块发现（WGCNA）
第10节基于相关性的整合…
11
第11节
基于矩阵分解的整合方法 · JIVE · MOFA+原理与实战
第11节基于矩阵分解的整…
12
第12节
基于回归和因果推断的整合：稀疏CCA · DIABLO (mixOmics包) · 以及因果网络推断（PC算法
第12节CCA
13
第13节
微生物功能通路整合分析 · MetaCyc/ KEGG通路富集 · 多组学通路的联合分析（Pathway…
第13节微生物功能通路整…
14
第14节
代谢物-微生物关联分析：MIMOSA · MelonnPan预测代谢物丰度 · Spearman相关热图
第14节MIMOSA
15
第15节
多组学机器学习整合 · Random Forest） · 多核学习（MKL）
第15节多组学机器学习整…
16
第16节
多组学网络整合与可视化 · 多组学网络属性分析 · 子网络提取
第16节多组学网络整合
17
第17节
纵向多组学整合分析：时间序列数据对齐 · 差异时序模式 · LME/ GEE模型
第17节纵向多组学整合分…
18
第18节
单细胞多组学整合（微生物组角度） · PhyloSIFTS）
第18节单细胞多组学整合
19
第19节
基于参考的整合方法 · iHMP） · 多组学参考图谱构建
第19节基于参考的整合方…
20
第20节
多组学数据仓库与数据库 · GNPS · Metabolights
第20节多组学数据仓库
21
第21节
多组学全流程管线搭建（Shell/P…
第21节Shell/P
22
第22节
Snakemake实战：定义规则 · 输入输出 · conda环境
第22节Snakemake
23
第23节
Nextflow实战 · 通道 · 进程
第23节Nextflow
24
第24节
容器化与部署 · 在HPC和云平台上运行 · 使用Docker Compose编排…
第24节容器化
25
第25节
统计检验与多重假设校正：T检验 · Wilcoxon · ANOVA
第25节统计检验
26
第26节
可视化最佳实践 · ComplexHeatmap） · 网络图
第26节可视化最佳实践
27
第27节
案例实战1——IBD肠道微生物组多组…
第27节IBD
28
第28节
案例实战2——环境微生物组多组学整合
第28节案例实战2
29
第29节
结果解释与生物学发现 · 假设生成 · 验证策略
第29节结果解释
30
第30节
总结 · 常见问题与未来发展：管线常见错误调试 · 性能优化
第30节常见问题