VIP20
本课程属于：006-受监管生信工作流审计 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Snakemake DAG执行审计与日志追踪

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Snakemake概述
工作流管理系统概述 · DAG概念 · Snakemake安装与环境配置
Snakemake工作流管理系统概…
02
Snakefile基础
规则定义 · 输入输出 · 通配符
Snakefile规则定义
03
规则执行机制
作业调度 · 资源分配 · 日志输出
规则执行机制作业调度
04
DAG生成与可视化
snakemake --dag · --rulegraph · --filegraph
DAG生成
05
DAG图解读
节点 · 边 · 依赖关系
DAG图解读
06
日志文件结构
主日志 · 规则日志 · shell日志
日志文件结构主日志
07
日志级别与配置
--quiet · --verbose · 日志格式
日志级别配置
08
错误排查基础
常见错误类型 · 语法错误 · 缺失文件
错误排查基础常见错误类型
09
通配符匹配问题
歧义 · 冲突 · missing input file…
通配符匹配问题歧义
10
资源管理日志
内存 · CPU · 时间限制
资源管理日志内存
11
集群环境日志
SGE/Slurm提交 · 作业ID · 日志汇总
集群环境日志SGE/Slurm
12
并行执行与日志
--cores · --jobs · 并发日志交错
并行执行日志
13
缓存与重利用
--cache · 缓存命中日志
缓存重利用
14
文件锁定与冲突
文件锁日志 · NFS问题
文件锁定冲突
15
条件执行与checkpoint
checkpoint日志 · 重新评估
checkpoint条件执行
16
匿名规则与子工作流
subworkflow日志
匿名规则子工作流
17
配置文件集成
config文件 · 配置覆盖 · 日志输出配置
配置文件集成config
18
报告生成
snakemake --report · 报告中的日志片段
报告生成snakemake
19
审计目标
验证规则执行顺序 · 检查输入输出完整性
审计目标验证规则执行顺序
20
审计方法
对比DAG与日志 · 手动追踪依赖链
审计方法DAG
21
自动化审计脚本
解析日志文件 · 提取关键信息
自动化审计脚本解析日志文件
22
审计工具
snakemake --lint · snakemake --summar…
审计工具snakemake
23
性能审计
时间戳分析 · 瓶颈识别
性能审计时间戳分析
24
数据一致性审计
校验和 · 文件大小 · 时间戳
数据一致性审计校验
25
重运行审计
rerun-trigger · 原因分析
重运行审计rerun-trigge…
26
容器化环境日志
Singularity/Docker…
容器化环境日志Singularity/…
27
Python脚本扩展日志
自定义日志记录 · hook日志
Python脚本扩展日志
28
多环境审计
不同平台日志差异 · 可复现性
多环境审计不同平台日志差异
29
最佳实践
日志保留策略 · 命名规范 · 审计清单
最佳实践日志保留策略
30
案例实战
完整工作流审计演练
案例实战完整工作流审计演…