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Snakemake DAG审计日志与执行可追溯

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
工作流管理工具 · DAG概念与核心优势
Snakemake简介
02
Snakemake安装与环境配置
conda/pip安装 · 虚拟环境搭建
Snakemake安装
03
Snakefile基础
规则定义 · 输入输出 · 通配符基本用法
Snakefile规则定义
04
DAG生成与可视化
snakemake --dag · graphviz输出
DAG生成
05
规则依赖与顺序
显式依赖 · 隐式依赖 · 文件时间戳判断
规则依赖顺序
06
通配符与动态文件
{sample} · {wildcards} · expand函数
通配符动态文件
07
配置文件与参数化
config.yaml · --config · defaults
配置文件参数化
08
日志文件配置
标准输出/错误重定向 · log指令用法
日志文件配置标准输出
09
审计规则概念介绍
为何需要审计 · 审计规则的作用
审计规则概念介绍为何需要审计
10
自定义审计规则编写
rule级别审计 · 自定义函数
自定义审计规则编…rule
11
规则执行状态监控
success/failed/err…
规则执行状态监控success/fail…
12
作业失败处理与重试
retry · error handling · force
作业失败处理重试
13
日志解析与错误诊断
grep · awk · Python解析日志
日志解析错误诊断
14
DAG审计报告生成
汇总统计 · HTML/CSV报告输出
DAG审计报告生成
15
规则执行时间统计
benchmark · 计时审计规则
规则执行时间统计benchmark
16
资源使用审计
内存 · CPU · 磁盘I/O监控与记录
资源使用审计内存
17
审计规则的条件触发
仅对特定规则 · 特定文件触发
审计规则的条件触…仅对特定规则
18
审计规则的输出格式
JSON · YAML · 自定义文本
审计规则的输出格…JSON
19
与外部监控集成
Prometheus · Grafana · 邮件通知
外部监控集成Prometheus
20
日志归档与清理策略
轮转 · 压缩 · 过期删除
日志归档清理策略
21
审计规则性能优化
避免过度审计 · 异步写入
审计规则性能优化避免过度审计
22
多环境审计
本地执行 · SLURM集群 · AWS Cloud
多环境审计本地执行
23
审计规则的版本控制
Git管理Snakefile与审计脚…
审计规则的版本控…Git
24
案例
生物信息学工作流审计（RNA-seq · ChIP-seq）
案例RNA-seq
25
案例
数据管道审计（ETL流程 · 特征工程）
案例ETL
26
高级
自定义日志处理器（Python lo…
高级Python
27
高级
审计规则插件化（动态加载审计模块）
高级审计规则插件化
28
高级
实时审计与告警（Webhook · Slack通知）
高级Webhook
29
调试与故障排除
常见错误 · 审计规则调试技巧
调试故障排除
30
总结与最佳实践
审计规则设计原则 · 团队协作建议
最佳实践审计规则设计原则