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PDB蛋白结构数据清洗与质量校验

共计 30 章节

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PDB数据库概述

发展历史 · 重要性 · 应用领域

PDB数据库概述

PDB文件获取方法

网站查询 · FTP下载 · RESTful API

PDB文件获取方法

PDB文件格式详解

ATOM记录 · HETATM · CONECT

PDB文件格式详解

常见PDB错误类型

缺失原子 · 异常键 · 残基错标

数据清洗基础

去除水分子 · 配体 · 离子

数据清洗基础去除水分子

使用BioPython读取PDB

解析结构对象与基本遍历

BioPython操作原子与残基

选择 · 修改 · 添加

BioPython操作原子

选择特定链与残基范围

链ID · 残基编号 · 插入码

选择特定链残基范围

重命名残基与原子

标准命名规范与替换操作

重命名残基原子

填充缺失侧链与主链原子

使用PDBFixer与Modelle…

填充缺失侧链主链原子

去除异常构象与交替位置

选择最高占据或一致构象

去除异常构象交替位置

处理晶体学对称操作与生物单元

生成正确生物组装体

处理晶体学对称操…生物单元

使用PDBFixer自动修复

修复缺失原子 · 非标准残基

使用ProDy进行结构分析

残基接触 · RMSD计算

使用PyMOL命令进行清洗

select · remove · alter等

序列比对与PDB序列一致性

提取序列 · 比对工具

PDB序列比对

残基编号重排与标准化

统一编号体系

残基编号重排标准化

处理NMR多模型PDB

选择模型 · 平均结构

电子密度图与PDB验证

检查密度匹配

PDB电子密度图

Ramachandran图与结构质量评估

异常二面角识别

Ramachandran结构质量评估

异常键长键角检测与修正

几何校验工具

异常键长键角检测修正

利用MolProbity进行综合结构校验

clashscore · rotamer等

MolProbity利用

同源建模与模板选择

序列相似性 · 结构覆盖

同源建模模板选择

使用Modeller进行同源建模

脚本编写与模型生成

建模后模型评估与清洗

DOPE评分 · GA341评估

建模后模型评估清洗

蛋白质-配体相互作用分析与配体清洗

准备配体文件

蛋白质配体相互作用分析

多构象体系的选择与一致化

处理晶体中多构象

多构象体系的选择一致化

批量处理多个PDB文件

文件遍历与流程自动化

PDB批量处理多个

自动化清洗脚本编写

Python脚本整合所有步骤

自动化清洗脚本编…Python

数据清洗最佳实践与总结

常见陷阱与经验法则

数据清洗最佳实践常见陷阱