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AlphaFold在抗体设计中的应用

共计 30 章节
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01
抗体结构与功能基础
抗体的基本结构域 · CDR区 · 抗原结合机制
抗体结构功能基础
02
抗体药物研发概述
单克隆抗体 · 双特异性抗体 · 抗体偶联药物等
抗体药物研发概述单克隆抗体
03
AlphaFold2原理简介
Evoformer · 结构模块 · 回收机制
AlphaFold2原理简介
04
AlphaFold2与RoseTTAFold对比
方法差异 · 适用场景 · 精度比较
AlphaFold2RoseTTAFold
05
环境搭建与软件安装
Linux环境准备 · Conda配置 · AlphaFold安装与测试
环境搭建软件安装
06
数据准备
抗体序列数据库 · UniProt · PDB
数据准备抗体序列数据库
07
运行AlphaFold单序列预测
输入格式 · 参数设置 · 运行流程
AlphaFold运行
08
多聚体预测与抗体-抗原复合物建模
multimer模式原理与配置
多聚体预测抗体
09
预测结果解析
pLDDT分数 · PAE矩阵 · 置信度评估
预测结果解析pLDDT
10
结构可视化工具
PyMOL · ChimeraX · 在线可视化
结构可视化工具PyMOL
11
CDR区域结构预测
针对CDR H3的困难 · AlphaFold表现
CDR区域结构预测
12
抗体同源建模与AlphaFold融合
Modeller · RosettaCM联合策略
AlphaFold抗体同源建模
13
结构质量评估
Ramachandran图 · 三维验证 · MolProbity
结构质量评估Ramachandran
14
抗原-抗体结合界面预测与热点分析
界面残基识别 · 能量计算
抗原抗体结合界面预测
15
抗体亲和力成熟设计
基于结构的热点突变设计
抗体亲力成熟设计
16
抗体制备与表达约束优化
可开发性评分 · 疏水斑块 · 去免疫原性
抗体制备表达约束优化
17
人源化设计
结构保持 · 突变策略 · AlphaFold验证
人源化设计结构保持
18
双特异性抗体设计
非对称结构 · 链配对 · 稳定化设计
双特异性抗体设计非对称结构
19
抗体序列空间探索
深度突变扫描与结构预测结合
抗体序列空间探索深度突变扫描
20
虚拟筛选与候选抗体排序
结合能预测 · 动力学模拟
虚拟筛选候选抗体排序
21
AlphaFold与分子动力学模拟串联
初始结构生成 · MD模拟 · 回检
AlphaFold分子动力学模拟串…
22
大规模自动批处理
Python脚本并行运行AlphaF…
大规模自动批处理Python
23
案例实战1
抗新冠病毒RBD抗体的结构预测与验证
案例实战1RBD
24
案例实战2
抗EGFR双特异性抗体的从头设计
案例实战2EGFR
25
案例实战3
肿瘤坏死因子受体激动型抗体优化
案例实战3肿瘤坏死因子受体…
26
常见错误与调试
内存不足 · 收敛失败 · 异常序列处理
常见错误调试
27
AlphaFold3与抗体设计新进展
小分子共价 · 复合物预测
AlphaFold3抗体设计新进展
28
开源工具整合
IgExplore · ABodyBuilder · SAbDab
开源工具整合IgExplore
29
抗体设计平台搭建
从序列到候选的端到端流程设计
抗体设计平台搭建从序列到候选的端…
30
未来展望
AI驱动抗体设计趋势 · 伦理与法规考量
未来展望AI