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PDB结构文件解析与标准化预处理

共计 30 章节

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PDB文件格式概述

发展历史 · 标准规范 · 常见应用场景与数据来源

PDB文件格式概述

PDB文件结构解析

标题记录 · 原子坐标 · 连接性

PDB文件结构解析

ATOM与HETATM记录详解

字段含义 · 坐标格式 · 原子命名约定

残基命名与标准氨基酸

三字母代码 · 单字母代码 · 非标准残基处理

残基命名标准氨基酸

链标识与多聚体

链的概念 · 非对称单元 · 生物组装

链标识多聚体

水分子与配体

如何表示水 · 小分子配体 · 修饰基团

水分子配体

PDB文件中的二级结构信息

HELIX · SHEET记录的读取与理解

晶体学对称性与空间群

CRYST1记录 · 晶胞参数 · 对称操作

晶体学对称性空间群

Python读取PDB文件

基础解析方法 · 字符串处理技巧

Biopython的PDB解析模块

Structure · Model · Chain

使用PyMOL进行PDB文件操作

加载 · 选择 · 导出与脚本自动化

数据预处理概述

噪声来源 · 缺失类型 · 异常值识别

数据预处理概述噪声来源

原子坐标标准化

质心平移 · 旋转对齐 · 单位转换

原子坐标标准化质心平移

缺失原子的补全

基于同源模板 · 侧链预测（SCWRL · Dunbrack）

缺失原子的补全基于同源模板

残基序列对齐与索引重编号

与UniProt的映射 · 插入缺失处理

残基序列对齐索引重编号

B因子（温度因子）分析与过滤

高B因子剔除 · 平均B因子计算

B因子温度因子

占有率（Occupancy）处理

多构象选择 · 占有率归一化

Occupancy占有率

异常值检测与剔除

键长键角偏差 · Ramachandran异常

异常值检测剔除

结构验证工具

MolProbity · ProCheck · WhatCheck的使用

结构验证工具MolProbity

溶剂可及表面积（SASA）计算

Shrake-Rupley算法 · FreeSASA

二级结构分配

DSSP · STRIDE的原理与输出解析

二级结构分配DSSP

残基深度与口袋检测

FPocket · SiteMap的预处理输入

残基深度口袋检测

静电势与电荷计算

APBS · PDB2PQR的流程与参数设置

静电势电荷计算

氢键与疏水相互作用分析

几何标准 · HBPLUS/Arpeggio

氢键疏水相互作用分析

蛋白-配体相互作用特征提取

接触距离 · 角度 · 能量项

蛋白配体相互作用特征…

RMSD计算 · TM-score · CE算法与PyMOL对接

结构比对RMSD

多构象与NMR模型处理

模型选择 · 平均结构生成

PDB文件预处理自动化Pipeline

工作流设计 · 脚本集成

大规模PDB数据集预处理

PDBbind · PDB_redo · PDBx/mmCIF转换

深度学习中PDB数据的应用

图神经网络输入 · 3D-CNN体素化

PDB深度学习