VIP20
本课程属于：003-AlphaFold蛋白结构预测 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

AlphaFold蛋白结构pLDDT置信度评估与质控

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
AlphaFold 与 pLDDT 简介
pLDDT 是什么？为什么重要
AlphaFoldpLDDT
02
理解 pLDDT 分数
分数范围 · 含义 · 阈值区分
pLDDT理解
03
AlphaFold 输出文件结构
JSON · PDB · PAE 等
AlphaFold输出文件结构
04
pLDDT 在 PDB 文件中的存储
B-factor 字段的奥秘
pLDDTPDB
05
使用 PyMOL 可视化 pLDDT 分数
基于 B-factor 着色
PyMOLpLDDT
06
使用 ChimeraX 可视化 pLDDT
颜色梯度设置
ChimeraXpLDDT
07
解析 AlphaFold JSON 文件
pLDDT 数组提取
AlphaFoldJSON
08
编程读取 pLDDT 分数
Python 脚本示例
pLDDT编程读取
09
计算 pLDDT 统计量
平均值 · 最小值 · 分布
pLDDT计算
10
绘制 pLDDT 分布直方图
Matplotlib 实践
pLDDT绘制
11
按残基绘制 pLDDT 折线图
识别低置信度区域
pLDDT按残基绘制
12
合并多个模型的 pLDDT
ensemble 分析
pLDDT合并多个模型的
13
pLDDT 与预测结构质量的关系
如何关联
pLDDT预测结构质量的关…
14
高 pLDDT 区域
可靠的结构预测特征
pLDDT区域
15
中等 pLDDT 区域
需要谨慎解读
pLDDT区域
16
低 pLDDT 区域
无序区域或错误折叠
pLDDT区域
17
pLDDT 与 PAE 联合分析
全局 vs 局部置信度
pLDDTPAE
18
pLDDT 与 predicted TM-score (pTM) 的关系
pLDDT 与 predicted TM… · 核心概念 · 实践要点
pLDDTpredicted
19
实际案例
高 pLDDT 但功能重要性区域
实际案例pLDDT
20
实际案例
低 pLDDT 但关键功能位点
实际案例pLDDT
21
使用 pLDDT 筛选可靠结构域
用于对接或模拟
pLDDT使用
22
基于 pLDDT 的模型质量控制
哪些残基可信
pLDDT基于
23
修正基于 pLDDT 的结构选择策略
修正基于 pLDDT 的结构选择策略 · 核心概念 · 实践要点
pLDDT修正基于
24
可视化 pLDDT 与序列特征
二级结构 · 保守性
pLDDT可视化
25
在 ColabFold 中解读 pLDDT 输出
在 ColabFold 中解读 pLDD… · 核心概念 · 实践要点
ColabFoldpLDDT
26
利用 pLDDT 指导实验验证
设计突变实验
pLDDT利用
27
pLDDT 的局限性
已知偏差和注意事项
pLDDT的局限性
28
比较不同 AlphaFold 版本（v2, v3, Multimer）的 pLD
比较不同 AlphaFold 版本（v2 · 核心概念 · 实践要点
AlphaFoldv2
29
自动化 pLDDT 分析流程
构建报告
pLDDT自动化
30
总结与进阶
pLDDT 外还有哪些评价指标
进阶pLDDT