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蛋白质PAE矩阵与结构置信度评估

共计 30 章节
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01
蛋白质结构域基础
定义 · 分类 · 生物学意义与常见数据库
蛋白质结构域基础定义
02
AlphaFold2原理简介
架构 · 输入输出 · 置信度指标（pLDDT
AlphaFold2原理简介
03
PAE矩阵概念
预测对齐误差的定义 · 矩阵结构 · 数值范围与颜色映射
PAE矩阵概念
04
PAE矩阵可视化
热力图绘制工具（如py3Dmol · matplotlib） · 解读颜色模式
PAE矩阵可视化
05
域间距离定义
基于PAE的域间距离度量思想 · 与RMSD · TM-score的区别
域间距离定义PAE
06
PAE与结构域划分
如何从PAE矩阵识别柔性区域和刚性结…
PAE结构域划分
07
基于PAE的域间距离计算方法
残基对平均 · 中位数 · 加权方案
PAE基于
08
阈值选择策略
经验阈值 · 统计阈值 · 基于熵的方法
阈值选择策略经验阈值
09
聚类算法识别域
层次聚类 · 谱聚类 · DBSCAN在PAE上的应用
聚类算法识别域层次聚类
10
域间距离矩阵构建
从PAE到域间距离矩阵的转换流程
域间距离矩阵构建PAE
11
域间距离与自由度
解释PAE值如何反映相对旋转/平移的…
域间距离自由度
12
多聚体蛋白的PAE
链间PAE解读 · 域间距离在多亚基中的扩展
PAE多聚体蛋白的
13
与实验结构比较
PAE预测域间距离 vs 晶体结构/…
实验结构比较PAE
14
PAE质量评估
低PAE区域与高精度预测的关联 · 高PAE区域的可靠性
PAE质量评估
15
动态蛋白的PAE
结合分子动力学模拟 · 理解PAE对构象变化的响应
PAE动态蛋白的
16
域间距离与功能关系
活性位点 · 底物结合域的相对位置分析
域间距离功能关系
17
工具实战
使用ColabFold/AlphaF…
工具实战ColabFold/Al…
18
工具实战
用Python解析PAE矩阵（npz…
工具实战Python
19
工具实战
可视化PAE热图与域边界（seabo… · plotly）
工具实战PAE
20
工具实战
计算并可视化域间距离随温控/突变的变…
工具实战计算并可视化域间…
21
流程搭建
从序列到域间距离报告的完整pipel…
流程搭建pipel
22
案例研究
免疫球蛋白结构域间柔性分析（基于PA…
案例研究PA
23
案例研究
多结构域酶催化构象的域间距离变化
案例研究多结构域酶催化构…
24
案例研究
无序蛋白（IDP）与有序蛋白的PAE…
案例研究IDP
25
PAE局限性与注意事项
不适用于小蛋白 · 重复域 · 对称复合物
PAE局限性
26
与其他方法对比
DALI · MMseqs2结构域划分 vs PA…
其他方法对比DALI
27
深度学习拓展
AlphaFold3及其他模型的PA…
深度学习拓展AlphaFold3
28
域间距离的统计学分析
显著性检验 · 聚类稳定性评估
域间距离的统计学…显著性检验
29
批量分析
大规模蛋白质组PAE域间距离提取与数…
批量分析PAE
30
未来展望
PAE驱动的结构域动力学模拟 · 药物设计中的应用前景
未来展望PAE