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029-药物知识图谱靶点发现与重定位工程
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《药物知识图谱构建工程》
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药物知识图谱构建工程
共计 30 章节
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01
药物知识图谱工程导论
目标=课程目标 · 知识图谱在药物研发与临床中的应用价值 · 工程化构建的整体流程与关键挑战
药物知识图谱工程…
目标=课程目标
02
药物领域知识建模
目标=本体设计原则 · 药物核心实体(药物 · 靶点
药物领域知识建模
目标=本体设计原…
03
药物数据源调研与获取
目标=结构化数据库(DrugBank · PubChem · ChEMBL
药物数据源调研
获取
04
药物数据清洗与预处理
目标=缺失值处理 · 实体别名归一化 · 剂量单位统一
药物数据清洗
预处理
05
药物命名实体识别
目标=基于规则 · 词典与深度学习(BiLSTM-CRF · BERT)的方法识别药物
药物命名实体识别
目标=基于规则
06
药物关系抽取
目标=从文献与结构化数据中抽取药物-… · 药物-疾病 · 药物-药物相互作用等关系
药物关系抽取
目标=从文献
07
药物事件抽取
目标=识别药物不良反应 · 用药指征 · 剂量方案等事件要素
药物事件抽取
目标=识别药物不…
08
实体链接与知识融合
目标=将抽取的实体链接到标准本体概念 · 处理同义词 · 缩写与跨库映射
实体链接
知识融合
09
药物知识图谱模式设计
目标=节点与边类型定义 · 属性设计 · 层次关系与约束
药物知识图谱模式…
目标=节点
10
图数据库选型与部署
目标=Neo4j · JanusGraph · Amazon Neptune 等对比
图数据库选型
部署
11
药物知识图谱存储与索引
目标=属性图与RDF存储模型 · 索引策略 · 查询优化
药物知识图谱存储
索引
12
药物知识图谱查询语言
目标=Cypher · SPARQL · Gremlin 基础与高级查询
药物知识图谱查询…
Cypher
13
药物知识图谱质量评估
目标=完整性 · 准确性 · 一致性
药物知识图谱质量…
目标=完整性
14
药物知识图谱补全与推理
目标=基于规则 · 嵌入模型(TransE · RotatE)与图神经网络的知识补全
药物知识图谱补全
推理
15
药物知识图谱可视化
目标=使用 Cytoscape · Gephi · D3.js 等工具展示药物-靶点-疾…
药物知识图谱可视…
Cytoscape
16
基于知识图谱的药物重定位
目标=利用图嵌入与路径推理发现老药新… · 案例:二甲双胍抗肿瘤 · 西地那非治疗肺动脉高压
基于知识图谱的药…
目标=利用图嵌入
17
药物相互作用预测
目标=构建药物-药物相互作用图谱 · 结合图算法与机器学习预测未知相互作用 · 评估临床风险
药物相互作用预测
目标=构建药物
18
药物不良反应监测
目标=整合FAERS · 文献与病历数据 · 构建不良反应知识图谱
药物不良反应监测
FAERS
19
精准用药知识图谱
目标=结合基因组 · 临床与药物数据 · 构建个体化用药知识图谱
精准用药知识图谱
目标=结合基因组
20
药物知识图谱与自然语言处理集成
目标=将图谱嵌入问答系统 · 文献摘要生成与临床决策支持 · 实现语义搜索与智能推荐
药物知识图谱
自然语言处理集成
21
药物知识图谱工程实战
目标=从零构建一个抗肿瘤药物知识图谱 · 涵盖数据采集 · 本体设计
药物知识图谱工程…
目标=从零构建一…
22
药物知识图谱增量更新与维护
目标=设计变更捕获 · 版本控制 · 冲突解决与自动化更新流水线
药物知识图谱增量…
维护
23
药物知识图谱安全与隐私
目标=数据脱敏 · 访问控制 · 合规性(GDPR
药物知识图谱安全
隐私
24
药物知识图谱在药物研发中的应用
目标=靶点发现 · 化合物筛选 · 临床试验匹配与药物警戒中的案例剖析
药物知识图谱
药物研发
25
药物知识图谱在临床中的应用
目标=临床决策支持 · 处方审核 · 药物基因组学解读与患者教育
药物知识图谱
临床
26
药物知识图谱与多组学数据融合
目标=整合基因组 · 转录组 · 蛋白组与代谢组数据
药物知识图谱
多组学数据融合
27
药物知识图谱的分布式计算与扩展
目标=使用 Spark · GraphX 处理大规模图数据 · 图分区与并行计算优化
药物知识图谱的分…
扩展
28
药物知识图谱评估与基准测试
目标=常用数据集(Hetionet · DRKG)与评测指标 · 对比不同构建方法的性能
药物知识图谱评估
基准测试
29
药物知识图谱前沿进展
目标=大语言模型与知识图谱结合 · 动态时序图谱 · 可解释性推理与联邦学习
药物知识图谱前沿…
目标=大语言模型
30
课程总结与项目答辩
目标=回顾核心工程环节 · 学生展示药物知识图谱构建项目 · 讲师点评与改进建议
课程总结
项目答辩
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