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029-药物知识图谱靶点发现与重定位工程
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《药物知识图谱本体设计工程》
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药物知识图谱本体设计工程
共计 30 章节
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01
药物知识图谱本体设计工程导论
目标=课程目标 · 知识图谱与本体在药物研发中的定位 · 工程化视角下的核心挑战与整体路线图
药物知识图谱本体…
目标=课程目标
02
药物领域知识建模基础
目标=药物实体类型 · 药物生命周期 · 从靶点到上市后监测的关键概念与本体建…
药物领域知识建模…
目标=药物实体类…
03
本体设计工程方法论
目标=本体工程原则 · 常用方法(如METHONTOLOGY · NeOn)
本体设计工程方法…
目标=本体工程原…
04
药物核心本体与标准复用
目标=RxNorm · DrugBank · ChEBI
药物核心本体
标准复用
05
药物本体需求分析与 competency questions
目标=从真实药物研发问题出发 · 定义本体范围 · 用户故事与可验证的 competen…
competency
questions
06
药物实体识别与类层次设计
目标=药物 · 活性成分 · 剂型
药物实体识别
类层次设计
07
药物本体属性与关系建模
目标=药理学关系 · 相互作用 · 代谢途径
药物本体属性
关系建模
08
药物本体中的标识符与编码系统
目标=ATC · CAS · UNII
药物本体
标识符
09
药物本体公理与约束设计
目标=使用OWL描述逻辑表达药物分类… · 等价类 · 不相交类
药物本体公理
约束设计
10
药物本体模块化与分层架构
目标=核心本体 · 领域本体 · 应用本体的分层设计
药物本体模块化
分层架构
11
药物本体设计中的术语与多语言管理
目标=同义词 · 缩写 · 商品名
药物本体设计
术语
12
药物-靶点-疾病三元关系本体建模
目标=从药理学机制到本体模式 · 处理多靶点 · 多适应症与机制不确定性
药物
靶点
13
药物相互作用与禁忌症本体设计
目标=DDI类型学 · 严重程度分级 · 证据来源建模与临床决策支持场景
药物相互作用
禁忌症本体设计
14
药物不良反应与药物警戒本体
目标=MedDRA集成 · ADE因果关系评估 · 信号检测相关本体模式与案例
药物不良反应
药物警戒本体
15
药物代谢与药代动力学本体建模
目标=代谢酶 · 转运体 · 代谢途径
药物代谢
药代动力学本体建…
16
药物剂型与给药方案本体设计
目标=剂型分类 · 给药途径 · 剂量单位
药物剂型
给药方案本体设计
17
药物研发阶段与监管信息本体
目标=临床试验阶段 · 审批状态 · 监管机构
药物研发阶段
监管信息本体
18
药物本体与真实世界数据集成
目标=电子健康记录 · FAERS · 临床试验数据的映射
药物本体
真实世界数据集成
19
药物本体查询与推理实战
目标=SPARQL查询设计 · 推理规则应用 · 从本体中提取药物相互作用与适应症知识
药物本体查询
推理实战
20
药物本体质量评估与验证
目标=一致性检查 · 覆盖度评估 · competency questio…
药物本体质量评估
验证
21
药物本体版本管理与协作工程
目标=Git · 本体版本IRI · 变更日志
药物本体版本管理
协作工程
22
药物本体设计工具链
目标=Protégé · WebProtégé · ROBOT
药物本体设计工具…
Prot
23
药物本体与知识图谱存储
目标=三元组存储 · 图数据库选型 · 本体加载
药物本体
知识图谱存储
24
药物本体在药物重定位中的应用
目标=从本体模式到假设生成 · 案例分析与工程实现要点
药物本体
药物重定位
25
药物本体在临床决策支持中的应用
目标=药物过敏检查 · 剂量推荐 · 相互作用预警的本体驱动实现
药物本体
临床决策支持
26
药物本体在药物警戒与安全监测中的应用
目标=信号检测 · 案例分类 · 监管报告的本体化支持
药物本体
药物警戒
27
药物本体设计中的伦理、隐私与合规
目标=患者数据保护 · 许可协议 · 数据共享与本体发布的法律考量
药物本体设计
伦理
28
药物本体与人工智能结合
目标=本体嵌入 · 知识增强的机器学习 · 可解释AI在药物发现中的本体角色
药物本体
人工智能结合
29
药物本体设计工程综合实战
目标=从需求到发布 · 完成一个药物相互作用本体的设计 · 实现
药物本体设计工程…
目标=从需求到发…
30
药物本体设计工程前沿与展望
目标=新兴标准 · 大语言模型与本体协同 · 自动化本体学习
药物本体设计工程…
目标=新兴标准
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