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分子动力学轨迹分析工程

共计 30 章节
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01
轨迹分析工程导论
目标=分子动力学轨迹的数据本质 · 分析目标 · 工程化流程与常见工具链概览
轨迹分析工程导论目标=分子动力学…
02
轨迹文件格式与I/O工程
目标=DCD · XTC · TRR
I/O轨迹文件格式
03
轨迹预处理与质量控制
目标=周期性边界条件处理 · 去平动转动 · 溶剂与离子剔除
轨迹预处理质量控制
04
拓扑与原子选择工程
目标=拓扑文件解析 · 原子组选择语言 · 残基与原子索引映射
拓扑原子选择工程
05
轨迹对齐与叠合
目标=最小二乘拟合 · 质量加权叠合 · 参考结构选择
轨迹对齐叠合
06
均方根偏差与均方根涨落
目标=RMSD/RMSF计算 · 参考帧选择 · 原子组划分
均方根偏差均方根涨落
07
回旋半径与端到端距离
目标=Rg · Re · 形状参数计算
回旋半径端到端距离
08
二级结构分析
目标=DSSP · STRIDE · 氢键模式
二级结构分析DSSP
09
氢键分析工程
目标=几何判据 · 占据率 · 寿命
氢键分析工程目标=几何判据
10
溶剂可及表面积
目标=SASA计算 · 残基埋藏程度 · 疏水核心识别
溶剂可表面积
11
接触图与残基相互作用
目标=距离截断 · 接触频率 · 动态接触图
接触图残基相互作用
12
聚类分析
目标=层次聚类 · k-means · GROMOS
聚类分析目标=层次聚类
13
降维与构象空间可视化
目标=PCA · tICA · 扩散映射
降维构象空间可视化
14
马尔可夫状态模型
目标=微状态划分 · 转移矩阵构建 · 隐含时间尺度
马尔可夫状态模型目标=微状态划分
15
主成分分析与动力学交叉相关
目标=协方差矩阵 · 模式分解 · 交叉相关图
主成分分析动力学交叉相关
16
自由能计算与增强采样轨迹分析
目标=伞形采样 · WHAM · MBAR
自由能计算增强采样轨迹分析
17
结合自由能与残基能量分解
目标=MM/PBSA · MM/GBSA · 能量分解
结合自由能残基能量分解
18
配体结合路径与驻留分析
目标=结合口袋占据 · 配体扩散 · 驻留时间
配体结合路径驻留分析
19
水分子与溶剂化分析
目标=水密度 · 水桥 · 水合层
水分子溶剂化分析
20
离子与静电环境分析
目标=离子配位 · 径向分布函数 · 静电势
离子静电环境分析
21
膜蛋白与脂质轨迹分析
目标=脂质有序参数 · 膜厚度 · 脂质混合
膜蛋白脂质轨迹分析
22
核酸轨迹分析
目标=碱基配对 · 堆叠 · 螺旋参数
核酸轨迹分析目标=碱基配对
23
多聚体与界面分析
目标=亚基间接触 · 界面面积 · 界面残基网络
多聚体界面分析
24
时间序列与相关性分析
目标=自相关 · 互相关 · 时间尺度提取
时间序列相关性分析
25
轨迹采样与收敛性评估
目标=块平均 · 自举 · 有效样本量
轨迹采样收敛性评估
26
大规模轨迹并行处理
目标=分块读取 · 并行计算 · 内存映射
大规模轨迹并行处…目标=分块读取
27
分析流程自动化与可复现性
目标=Snakemake/Nextf… · 参数配置 · 日志
分析流程自动化可复现性
28
轨迹数据库与可视化工程
目标=数据存储 · 索引 · 查询
轨迹数据库可视化工程
29
机器学习在轨迹分析中的应用
目标=特征工程 · 深度学习降维 · 构象分类
机器学习轨迹分析
30
综合实战项目
目标=从原始轨迹到完整分析报告 · 涵盖预处理 · 多指标计算
综合实战项目目标=从原始轨迹…