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本课程属于：026-分子对接动力学与计算化学工程 生命科学与数字医疗 · 共 14 门相关课程，组合学习更完整。
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高通量分子计算流水线工程

共计 30 章节
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01
课程导入与分子计算流水线全景
目标=学习目标 · 高通量分子计算的核心概念 · 流水线工程的整体框架
课程导入分子计算流水线全…
02
分子计算任务建模与流水线需求分析
目标=从分子模拟 · 分子对接 · 分子动力学到量子化学计算的任务分解
分子计算任务建模流水线需求分析
03
分子数据表示与输入输出规范
目标=常见分子文件格式（SMILES · SDF · PDB
分子数据表示输入输出规范
04
高通量分子计算硬件与运行环境
目标=CPU/GPU/FPGA/AS… · 容器化与虚拟化 · 集群与云环境选型
高通量分子计算硬…运行环境
05
流水线编排引擎与工作流描述
目标=Snakemake · Nextflow · CWL
流水线编排引擎工作流描述
06
分子计算作业的容器化与可复现封装
目标=Docker/Singular… · 依赖锁定 · 环境变量管理
分子计算作业的容…可复现封装
07
高通量任务调度与资源管理
目标=Slurm · Kubernetes · PBS等调度器集成
高通量任务调度资源管理
08
分子计算流水线的并行化策略
目标=任务级并行 · 数据级并行 · 模型级并行
分子计算流水线的…目标=任务级并行
09
分子数据分片、批处理与负载均衡
目标=分子库切分 · 批大小调优 · 动态负载均衡
分子数据分片批处理
10
流水线中的分子计算工具集成
目标=Open Babel · RDKit · AutoDock Vina
流水线分子计算工具集成
11
分子计算作业的容错与重试机制
目标=失败检测 · 检查点与恢复 · 幂等性设计
分子计算作业的容…重试机制
12
流水线状态管理与元数据追踪
目标=任务状态机 · 运行日志 · 分子级溯源
流水线状态管理元数据追踪
13
高通量分子计算结果的数据存储与管理
目标=对象存储 · 并行文件系统 · 关系型与NoSQL数据库
高通量分子计算结…管理
14
分子计算流水线的性能剖析与优化
目标=瓶颈定位 · I/O优化 · GPU利用率
分子计算流水线的…优化
15
分子计算任务的成本模型与资源核算
目标=云资源计费 · 本地集群成本 · 能效比
分子计算任务的成…资源核算
16
流水线安全与合规
目标=分子数据隐私 · 访问控制 · 审计日志
流水线安全合规
17
分子计算流水线的监控与告警
目标=指标采集 · 可视化仪表盘 · 日志聚合
分子计算流水线的…告警
18
自动化测试与持续集成在分子流水线中的应用
目标=单元测试 · 集成测试 · 回归测试
自动化测试持续集成
19
分子计算流水线的版本管理与实验追踪
目标=代码 · 数据 · 模型
分子计算流水线的…实验追踪
20
高通量虚拟筛选流水线实战
目标=从化合物库准备 · 对接参数扫描 · 结果聚合到命中分子排序的端到端实现
高通量虚拟筛选流…目标=从化合物库…
21
分子动力学高通量流水线实战
目标=体系构建 · 模拟参数扫描 · 轨迹分析
分子动力学高通量…目标=体系构建
22
量子化学计算高通量流水线实战
目标=分子几何优化 · 电子结构计算 · 性质预测
量子化学计算高通…目标=分子几何优…
23
机器学习势函数与分子模拟流水线集成
目标=训练数据生成 · 模型训练 · 主动学习
机器学习势函数分子模拟流水线集…
24
分子生成与逆向设计流水线
目标=生成模型集成 · 批量采样 · 性质过滤
分子生成逆向设计流水线
25
多阶段分子计算流水线的级联与编排
目标=筛选-精修-验证级联 · 条件分支 · 动态任务生成与结果反馈
多阶段分子计算流…编排
26
流水线中的分子计算精度与不确定性量化
目标=数值精度 · 统计误差 · 置信区间
流水线分子计算精度
27
跨平台与混合云分子计算流水线
目标=本地集群与云爆发 · 数据同步 · 跨域调度
跨平台混合云分子计算流…
28
分子计算流水线的可扩展性设计
目标=水平扩展 · 微服务化 · 消息队列
分子计算流水线的…目标=水平扩展
29
流水线工程中的协作与运维
目标=团队分工 · 文档规范 · 运维手册
流水线工程协作
30
课程综合项目与前沿展望
目标=完整高通量分子计算流水线设计与… · 成果展示 · 评审标准
课程综合项目前沿展望