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小分子化学信息处理与构象工程

共计 30 章节
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01
课程导入与分子表示基础
目标=学习目标 · 小分子化学信息处理与构象工程的整体框… · 分子图与SMILES/SDF等常见表…
课程导入分子表示基础
02
分子文件与数据清洗实战
目标=读取SDF · MOL2 · PDB等格式
分子文件数据清洗实战
03
分子指纹与相似性计算
目标=ECFP · MACCS · RDKit指纹生成
分子指纹相似性计算
04
分子描述符与理化性质预测
目标=拓扑描述符 · 电子描述符 · 脂水分配系数
分子描述符理化性质预测
05
子结构搜索与匹配
目标=SMARTS语法 · 子结构查询 · 官能团识别
子结构搜索匹配
06
化学数据库与数据获取
目标=ChEMBL · PubChem · ZINC等数据库检索
化学数据库数据获取
07
构象空间与势能面基础
目标=构象自由度 · 扭转角 · 环构象
构象空间势能面基础
08
构象生成算法与工具
目标=距离几何 · 随机坐标 · 遗传算法
构象生成算法工具
09
构象优化与力场选择
目标=MMFF94 · UFF · GAFF等力场特点
构象优化力场选择
10
构象采样与增强采样
目标=蒙特卡洛 · 分子动力学 · 副本交换
构象采样增强采样
11
构象聚类与代表性构象选择
目标=RMSD计算 · 层次聚类 · k-means
构象聚类代表性构象选择
12
药效团建模与构象筛选
目标=基于配体的药效团特征提取 · 构象数据库筛选 · 命中评估与假阳性控制
药效团建模构象筛选
13
分子对接中的构象工程
目标=对接构象生成 · 口袋准备 · 打分函数
分子对接构象工程
14
自由能微扰与构象重加权
目标=FEP · TI · MM/PBSA等方法中构象采样与重加…
自由能微扰构象重加权
15
QSAR/QSPR建模中的构象依赖
目标=构象平均描述符 · 3D-QSAR · CoMFA/CoMSIA
QSAR/QSPR建模
16
机器学习与分子表示
目标=分子图神经网络 · SMILES序列模型 · 3D构象表示
机器学习分子表示
17
生成模型与构象生成
目标=VAE · GAN · 扩散模型
生成模型构象生成
18
蛋白-配体相互作用构象分析
目标=结合模式分析 · 氢键 · 疏水作用
蛋白配体相互作用构象…
19
小分子构象与ADMET性质
目标=构象对渗透性 · 代谢稳定性 · hERG毒性等ADMET性质的影响及…
ADMET小分子构象
20
多靶点药物设计与构象选择
目标=多靶点配体设计中的构象妥协 · 选择性优化 · 构象限制策略与案例研究
多靶点药物设计构象选择
21
片段化合物与构象工程
目标=片段筛选 · 片段生长 · 片段连接中的构象控制
片段化合物构象工程
22
大环与柔性分子构象处理
目标=大环构象采样 · 环张力 · 预组织构象
大环柔性分子构象处理
23
共价抑制剂与构象工程
目标=共价弹头构象 · 反应性预测 · 共价对接
共价抑制剂构象工程
24
变构调节剂与构象工程
目标=变构口袋识别 · 构象变化分析 · 变构调节剂设计
变构调节剂构象工程
25
分子动力学模拟实战
目标=体系构建 · 力场参数化 · 溶剂化
分子动力学模拟实…目标=体系构建
26
自由能景观与构象网络
目标=构建自由能景观 · 马尔可夫状态模型 · 构象网络分析
自由能景观构象网络
27
化学信息学工作流自动化
目标=使用Python · RDKit · OpenMM
化学信息学工作流…Python
28
虚拟筛选实战
目标=从化合物库准备 · 构象生成 · 药效团筛选
虚拟筛选实战目标=从化合物库…
29
构象工程在药物发现中的综合案例
目标=针对特定靶点 · 从苗头化合物到先导化合物的构象优化 · 活性提升与选择性改善
构象工程药物发现
30
前沿进展与课程总结
目标=AI驱动构象生成 · 量子化学与机器学习结合 · 自动化实验闭环
前沿进展课程总结