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分子对接项目全流程工程

共计 30 章节
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01
项目启动与需求分析
目标=明确分子对接项目的科学问题 · 靶点选择依据 · 应用场景与交付标准
项目启动需求分析
02
靶点蛋白结构获取与评估
目标=从PDB数据库检索 · 筛选与下载靶点结构 · 评估分辨率
靶点蛋白结构获取评估
03
蛋白结构预处理实战
目标=使用PyMOL · UCSF Chimera等工具进行加… · 去水
蛋白结构预处理实…PyMOL
04
配体小分子数据库构建
目标=从ZINC · PubChem · ChEMBL等来源获取配体
配体小分子数据库…ZINC
05
配体与蛋白格式标准化
目标=掌握PDB · MOL2 · SDF
配体蛋白格式标准化
06
对接软件选型与安装部署
目标=对比AutoDock Vina · Glide · GOLD
对接软件选型安装部署
07
结合位点识别与定义
目标=基于共晶配体 · 文献报道 · 口袋检测算法（如fpocket）确定…
结合位点识别定义
08
对接参数文件准备
目标=编写Vina与AutoDock… · 设置网格参数 · 柔性残基
对接参数文件准备Vina
09
分子对接批量运行与任务调度
目标=使用Shell脚本 · SLURM或Snakemake实现大…
分子对接批量运行任务调度
10
对接结果初步分析
目标=提取结合能 · 聚类构象 · 氢键与疏水相互作用
对接结果初步分析目标=提取结合能
11
对接打分与重打分策略
目标=理解经验打分函数 · 力场打分与共识打分 · 使用MM-GBSA/PBSA进行结合…
对接打分重打分策略
12
虚拟筛选流程构建
目标=设计从大规模化合物库到命中化合… · 包括Lipinski规则 · PAINS过滤与对接打分截断
虚拟筛选流程构建目标=设计从大规…
13
对接结果假阳性识别与排除
目标=分析常见假阳性来源 · 如质子化状态错误 · 水分子介导
对接结果假阳性识…排除
14
分子动力学模拟验证对接构象
目标=使用GROMACS或AMBER… · 评估RMSD · RMSF与结合稳定性
分子动力学模拟验…GROMACS
15
结合模式与相互作用分析
目标=通过MD轨迹分析氢键占有率 · 盐桥 · π-π堆积与疏水接触
结合模式相互作用分析
16
自由能微扰与热力学积分入门
目标=在对接项目中对关键候选分子进行… · 评估相对结合自由能的可靠性
自由能微扰热力学积分入门
17
共价对接项目实战
目标=针对共价抑制剂 · 处理反应性弹头 · 共价键形成参数与共价对接软件（如Co…
共价对接项目实战目标=针对共价抑…
18
多靶点对接与选择性分析
目标=对同一配体家族进行多靶点对接 · 比较结合模式与打分 · 分析选择性决定因素
多靶点对接选择性分析
19
蛋白-蛋白对接项目流程
目标=使用HADDOCK · ClusPro等工具进行蛋白-蛋白对… · 处理柔性区域与界面预测
蛋白蛋白对接项目流程
20
核酸-小分子对接专项
目标=针对DNA/RNA靶点 · 处理核酸结构 · 金属离子
核酸小分子对接专项
21
对接结果与实验数据整合
目标=将对接打分与IC50 · Kd等实验数据关联 · 进行相关性分析与模型校准
对接结果实验数据整合
22
机器学习辅助对接与打分
目标=使用机器学习模型（如RF · SVM · 深度学习）对对接结果进行重打分与活性…
机器学习辅助对接打分
23
对接项目的数据管理与版本控制
目标=使用Git · DVC与实验室信息管理系统组织项目文… · 参数与结果
对接项目的数据管…版本控制
24
对接流程的容器化与可重复性
目标=使用Docker与Singul… · 编写Conda环境文件与Snakem…
对接流程的容器化可重复性
25
高通量对接的性能优化
目标=通过并行计算 · GPU加速 · 网格精简与配体库预处理提升大规模筛选…
高通量对接的性能…目标=通过并行计…
26
对接结果的可视化与报告生成
目标=使用PyMOL脚本 · Matplotlib与Jupyter…
对接结果的可视化报告生成
27
从对接命中到先导化合物优化
目标=基于对接结果进行骨架跃迁 · 片段生长与侧链修饰 · 设计新类似物并重新对接
从对接命到先导化合物优化
28
对接项目的失败案例复盘
目标=分析典型失败原因 · 如靶点结构错误 · 结合位点误判
对接项目的失败案…目标=分析典型失…
29
分子对接项目全流程综合实战
目标=从靶点选择到先导化合物提出 · 完成一个完整的小分子对接项目并撰写技…
分子对接项目全流…目标=从靶点选择…
30
前沿对接方法与项目工程展望
目标=介绍AI对接（如DiffDoc… · EquiBind） · 自由能计算与自动化实验室闭环的前沿趋…
前沿对接方法项目工程展望