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本课程属于：018-医疗数据分析与临床队列工程 生命科学与数字医疗 · 共 10 门相关课程，组合学习更完整。
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Python临床研究队列工程

共计 30 章节
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01
临床研究队列工程导论
目标=队列研究的基本概念 · 类型与设计要点 · Python在队列工程中的角色定位
临床研究队列工程…目标=队列研究的…
02
队列数据模型与数据结构设计
目标=受试者 · 访视 · 事件
队列数据模型数据结构设计
03
研究方案到数据采集表的映射
目标=将CRF · 变量定义 · 编码规则转化为Python可执行的采…
研究方案到数据采…CRF
04
队列数据采集系统对接
目标=REDCap · OpenClinica等EDC系统的… · 使用requests与pycap实现…
队列数据采集系统…REDCap
05
原始数据清洗与标准化
目标=缺失值 · 异常值 · 逻辑矛盾的识别与处理
原始数据清洗标准化
06
受试者标识与隐私保护工程
目标=生成研究ID · 脱敏映射表 · 假名化策略
受试者标识隐私保护工程
07
纵向随访数据的组织与重塑
目标=宽表与长表转换 · 访视窗口对齐 · 时间轴构建
纵向随访数据的组…重塑
08
队列基线特征表生成
目标=自动化生成Table 1 · 分类变量与连续变量的统计描述 · 使用tableone与pandas实…
队列基线特征表生…Table
09
生存分析数据准备
目标=从随访记录构建生存时间与事件状… · 处理竞争风险与截尾 · 使用lifelines进行Kapla…
生存分析数据准备目标=从随访记录…
10
队列数据质量监控与审计
目标=定义质量指标 · 缺失率 · 离群值检测
队列数据质量监控审计
11
多中心数据整合与批次效应
目标=中心间变量对齐 · 编码协调 · 批次效应识别
心数据整合批次效应
12
临床变量派生与特征工程
目标=从原始变量计算BMI · eGFR · 合并症指数等派生变量
临床变量派生特征工程
13
队列数据版本控制与可复现性
目标=使用git · dvc与数据快照管理数据集版本 · 确保分析结果可复现与可审计
队列数据版本控制可复现性
14
缺失数据机制与插补策略
目标=MCAR · MAR · MNAR的识别
缺失数据机制插补策略
15
倾向性评分与混杂控制
目标=倾向性评分计算 · 匹配 · 加权与分层
倾向性评分混杂控制
16
队列随访依从性与失访分析
目标=计算随访率 · 失访原因编码 · 逆概率加权
队列随访依从性失访分析
17
生存分析进阶与竞争风险
目标=参数化生存模型 · 竞争风险Fine-Gray模型 · 多状态模型
生存分析进阶竞争风险
18
纵向数据分析与混合效应模型
目标=线性混合模型 · 广义估计方程 · 使用statsmodels与pyme…
纵向数据分析混合效应模型
19
队列研究中的机器学习
目标=特征选择 · 交叉验证 · 风险预测模型
队列研究机器学习
20
模型校准与临床决策曲线
目标=校准曲线 · Brier评分 · 决策曲线分析
模型校准临床决策曲线
21
亚组分析与交互作用检验
目标=预设亚组 · 森林图 · 交互项检验
亚组分析交互作用检验
22
队列数据可视化与报告
目标=生存曲线 · 森林图 · 热图
队列数据可视化报告
23
自动化报告与可重复研究
目标=使用Jupyter Noteb… · Quarto与papermill生成… · 集成参数化分析与结果导出
自动化报告可重复研究
24
临床队列数据库部署与维护
目标=SQLite · PostgreSQL与MongoDB… · 使用SQLAlchemy与peewe…
临床队列数据库部…维护
25
队列数据安全与合规
目标=HIPAA与GDPR要求 · 访问控制 · 加密传输
队列数据安全合规
26
多组学与影像队列数据整合
目标=将基因组 · 转录组 · 影像特征与临床表型关联
多组学影像队列数据整合
27
真实世界数据与电子健康记录
目标=从EHR提取队列 · 自然语言处理临床文本 · 使用spaCy与transforme…
真实世界数据电子健康记录
28
队列研究中的因果推断
目标=工具变量 · 断点回归 · 双重差分
队列研究因果推断
29
大规模队列分布式计算
目标=使用Dask · PySpark与Ray处理百万级受试… · 实现并行化清洗
大规模队列分布式…Dask
30
临床队列工程实战项目
目标=从方案设计 · 数据采集 · 清洗
临床队列工程实战…目标=从方案设计