3. ACMG规则基础
咱们现在要聊的，是整个ACMG规则体系的“地基”。
证据代码，就是一堆缩写和数字的组合。像PVS1、PS1、PM2这些。
很多人第一次看会觉得头疼。这很正常。我当年刚接触时，看着这张表，感觉像在看摩斯密码。
但你只要抓住一条主线——证据是分等级的，而且可以叠加。今天我就帮你把这层窗户纸捅破。
1. 证据代码的“力量”分级
所有的证据代码，按强度分为四档：
- 非常强 (Very Strong) —— 最常见的就是
PVS1 - 强 (Strong) —— 比如
PS1、PS3 - 中等 (Moderate) —— 比如
PM2、PM4 - 支持 (Supporting) —— 比如
PP3、BP4
说白了，这就是一个“定罪”的证据链。PVS1相当于直接证据，PP3最多算个旁证。
核心逻辑：单个证据往往不够，需要组合。ACMG的规则本质上是一个评分卡。你把一个变异的证据往里套，套完了算总分，就能判断它是“致病”还是“良性”。
2. PVS1：蛋白截断变异的“王牌”
PVS1是Pvs1，不是PVS1。嗯，这里要注意拼写。
它代表“蛋白截断变异”。
什么叫“蛋白截断”？就是基因序列里出现了无义突变、移码突变、经典剪接位点突变等。这些突变会把正常的蛋白合成通路上“咔嚓”一声切断。
在我处理过的肿瘤样本里，TP53基因的PVS1证据非常常见。比如TP53 c.817C>T p.(Arg273*)，这是个无义突变。蛋白直接在273号氨基酸处停止了。功能基本全丢。
但是，有个大坑一定要记住：
PVS1使用前提：必须确认这个截断会导致无义介导的mRNA降解（NMD）。如果截断发生在最后一个外显子，或者靠近3'端，NMD可能逃逸，从而产生一个截短但有部分功能的蛋白。这时PVS1就要降级。
我曾经犯过这个错误。直接把一个位于最后一个外显子的移码突变判了PVS1。后来一看文献，那个截短蛋白竟然还有活性。教训深刻，自此以后我看PVS1都会多看一眼外显子位置。
3. PS1：氨基酸改变相同的“铁证”
PS1，全称是“Same amino acid change as a previously established pathogenic variant”。
你想想看，如果一个变异，它导致蛋白序列上第600位的氨基酸从“丙氨酸”变成了“缬氨酸”，而且这个改变之前已经被证实是致病性的。那么，你手里这个新发现的变异，只要它造成的氨基酸改变完全一样，就可以直接拿PS1。
举个具体例子：
已知致病：BRAF c.1799T>A p.(Val600Glu) // V600E
新发现： BRAF c.1799T>G p.(Val600Glu) // 也是V600E
虽然DNA水平上，T>A和T>G不一样，但蛋白水平都是V600E。这样新发现的变异就可以直接引用PS1证据。这在肿瘤伴随诊断里非常常用。
4. 主要证据代码的对照表
为了方便查，我整理了一个表格。这些代码在你看变异注释结果时，几乎天天碰到。
| 证据代码 | 强度 | 描述 | 举个肿瘤中的例子 |
|---|---|---|---|
PVS1 |
非常强 | 蛋白截断变异（无义、移码、经典剪接+1/-2） | TP53无义突变 |
PS1 |
强 | 与已知致病变异导致相同氨基酸改变 | BRAF V600E |
PS3 |
强 | 有功能实验支持该变异有害 | 细胞增殖实验证明该突变促进生长 |
PM2 |
中等 | 在人群数据库中极低频或缺失（缺失时称为PM2_Supporting） | gnomAD中频率 < 0.001% |
PP3 |
支持 | 多种生物信息学预测为有害 | SIFT, PolyPhen, REVEL 均预测有害 |
BP1 |
支持(良性) | 错义变异发生在一般认为只有截断变异才致病的基因上 | TP53错义变异 — 这条在肿瘤中不常用 |
5. 评分逻辑：如何组合证据
ACMG的评分逻辑，其实就是做加法。不同强度的证据可以叠加。
举个例子，一个变异如果同时具备：
PVS1（非常强）PM2（中等，极低频）PP3（支持，预测有害）
那么它几乎铁定是“致病”的。因为PVS1单独就已经很强了。
但是，如果你只有一个PM2加上一个PP3，那只能判为“意义不明（VUS）”。
我的经验法则：在解读肿瘤样本时，我一般先看有没有PVS1。如果有，我再检查Pvs1的前提条件是否满足。如果有PS1，我基本可以放心给出“致病”判定。
因为肿瘤样本里，大部分驱动突变都是已知的热点突变。
6. 一张图看懂证据框架
下面这张SVG图，展示了从变异输入到最终判定的核心流程。你看一眼就能明白，这些证据代码是怎么串联起来的。
你看，整个流程非常清晰。先判断是“致病性”还是“良性”的证据，然后根据证据的强度去组合。组合到一定程度，就能给出明确的临床判定。
7. 实战中的避坑指南
讲了这么多理论，我想分享几个实战中容易遇到的坑。
- 不要滥用PM2：PM2说的是“在正常人群中极低频”。但肿瘤样本里，很多体细胞突变在germline数据库中本来就没有。如果你因此给PM2，可能过度判读。我倾向于在肿瘤体系里，把PM2降级使用作为支持性证据。
- PVS1和剪接位点：经典剪接位点（-1, -2, +1, +2）直接给PVS1。但是那些距离较远的剪接区域变异，比如+3到+5，一般只给PM4（蛋白长度改变）或PP3。别搞混了。
- PS3是证据，但不是必须：很多文献中，有功能实验数据就给PS3。但在实际解读中，如果已经有PVS1和PM2，PS3其实只是锦上添花。别因为没有这个，就把致病判定改为VUS。
总结一句话：ACMG核心规则就是识别证据代码的类型和强度，然后按预设的算法组合，最后输出判定。
你只要记住，PVS1是重锤，PS1是锚点，PM2是辅助，PP3是补充。