2. 样本接收与核酸提取质控
文库构建的第一步并不是“上机加接头”，而是把样本变成一份合格、可追溯、可判断的核酸模板。样本类型、保存运输条件、提取方法、浓度纯度以及降解程度，都会直接决定后续建库能否成功。本节围绕四个关键环节展开：样本类型与完整性评估、DNA提取方法选择、浓度与纯度检测、降解样本的判定与处理策略。
一、样本类型与完整性评估
常见样本可分为三类：高完整性样本（新鲜血液、培养细胞、新鲜组织）、中等完整性样本（冷冻组织、唾液、部分植物叶片）、低完整性/降解样本（FFPE组织、古DNA、环境DNA、长期室温放置的样本）。样本接收时，应记录样本类型、采集时间、保存温度、运输方式、外观（是否溶血、是否反复冻融）等信息。
完整性评估最直观的指标是琼脂糖凝胶电泳：完整基因组DNA应呈现一条清晰、高分子量、无明显拖尾的主带；若主带模糊、向低分子量区域拖尾，说明存在降解。更精细的评估可用DIN（DNA Integrity Number）或RIN（RNA Integrity Number），DIN值范围1～10，通常DIN≥7视为完整性良好，DIN 3～7为中度降解，DIN＜3为严重降解。对于FFPE样本，还需关注片段化程度，因为甲醛固定会导致DNA交联和断裂。
二、DNA提取方法选择
提取方法的选择取决于样本类型、通量和下游应用。常见方法包括：
- 酚-氯仿法：经典方法，得率高、片段长，但操作繁琐、使用有毒试剂，适合对纯度要求高、样本量大的场景。
- 硅胶柱法：操作简便、重复性好，适合血液、组织、细胞等常规样本，但片段回收偏短，对FFPE等降解样本可能丢失小片段。
- 磁珠法：易于自动化、高通量，适合大规模样本处理，通过调整磁珠与DNA比例可选择性回收不同片段长度。
- FFPE专用提取：需脱蜡、蛋白酶K消化、可能辅以脱交联处理，以最大限度恢复可建库的DNA。
选择时需权衡：样本量是否充足、是否需要保留小片段、是否要自动化、下游是WGS还是靶向捕获。例如，FFPE样本建议使用专门针对片段化DNA优化的磁珠法或柱法，避免过度剪切。
三、浓度与纯度检测
提取完成后，必须检测浓度和纯度。常用方法有：
| 方法 | 检测对象 | 优点 | 局限 |
|---|---|---|---|
| NanoDrop（紫外分光） | 总核酸浓度 | 快速、微量 | 无法区分DNA/RNA，受蛋白、酚、盐干扰 |
| Qubit（荧光染料） | 双链DNA特异性 | 准确、不受单链/RNA干扰 | 仅测浓度，不反映纯度 |
| 琼脂糖凝胶电泳 | 片段大小与完整性 | 直观判断降解 | 半定量，低浓度样本不敏感 |
纯度指标：A260/A280应在1.8～2.0之间，低于1.8提示蛋白或酚污染；A260/A230应大于2.0，低于2.0提示盐、糖或有机溶剂残留。若纯度不达标，可用磁珠纯化或乙醇沉淀进行二次纯化。
四、降解样本的判定与处理策略
降解样本的判定依据：电泳主带消失或严重拖尾、DIN＜7、Qubit浓度低但NanoDrop浓度高（提示存在大量单链或RNA）、A260/A280异常。处理策略需分情况：
- 中度降解（DIN 3～7）：可尝试片段化建库，适当增加起始量（如从100 ng提高到500 ng～1 μg），使用耐受降解的建库试剂盒，并减少PCR循环数以避免偏向性。
- 重度降解（DIN＜3）：若样本珍贵，可尝试DNA修复（如FFPE修复液、UDG/APE1处理），但修复可能引入错误；若无法修复，建议放弃或改用短片段测序策略。
- FFPE样本：需评估片段分布，通常以100～300 bp为主，建库时应选择专门针对短片段优化的方案，并注意去交联。
综上，样本接收与核酸提取质控的核心是：先判断样本类型与完整性，再选择匹配的提取方法，然后用荧光法准确定量、用紫外法评估纯度，最后根据降解程度决定建库策略或放弃。只有把这一步做扎实，后续的末端修复、接头连接和扩增才有稳定的模板基础。