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靶向测序文库设计与实验工程

共计 30 章节
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01
靶向测序技术全景与课程任务地图
目标=从临床样本到报告的核心流程 · 靶向捕获与扩增子两大技术路线的适用边… · 课程最终交付物定义
靶向测序技术全景课程任务地图
02
靶向区域确定与基因组坐标体系
目标=参考基因组版本选择 · 目标基因外显子与热点区间的获取 · 坐标转换与区间合并去冗余的实操方法
靶向区域确定基因组坐标体系
03
目标区域注释与功能优先级排序
目标=编码区 · 剪接位点 · 启动子
目标区域注释功能优先级排序
04
探针设计原理与参数体系
目标=杂交捕获探针长度 · Tm值 · GC含量
探针设计原理参数体系
05
探针设计工具实操与结果评估
目标=主流探针设计软件输入输出解析 · 探针覆盖缺口识别 · 补漏探针设计
探针设计工具实操结果评估
06
扩增子引物设计原理与多重体系约束
目标=引物长度 · Tm · GC
扩增子引物设计原…多重体系约束
07
多重PCR引物设计与优化实战
目标=引物池分组策略 · 退火温度均一化 · 引物浓度配比
PCR多重
08
靶向文库设计中的覆盖度与均一性权衡
目标=捕获效率 · 覆盖深度 · 均一性
靶向文库设计覆盖度
09
样本类型与核酸提取对文库设计的影响
目标=FFPE · 外周血 · 新鲜组织
样本类型核酸提取对文库设…
10
DNA靶向文库建库流程与关键节点
目标=片段化 · 末端修复 · 加A
DNA靶向文库建库流程
11
RNA靶向文库建库流程与关键节点
目标=反转录 · 第二链合成 · 转录本捕获或扩增子设计
RNA靶向文库建库流程
12
杂交捕获实验操作与关键参数
目标=封闭试剂选择 · 探针与文库比例 · 杂交温度与时间
杂交捕获实验操作关键参数
13
多重PCR扩增子建库实验操作与关键参数
目标=多重引物池配制 · PCR循环数优化 · 模板投入量
PCR多重
14
接头与索引策略设计
目标=单端与双端索引 · 唯一分子标签 · 索引跳跃污染风险
接头索引策略设计
15
文库质控与定量方法
目标=Qubit · qPCR · Bioanalyzer
文库质控定量方法
16
测序平台选择与运行参数设定
目标=Illumina · MGI · Ion Torrent等平台在靶向测…
测序平台选择运行参数设定
17
测序数据预处理与质控
目标=原始数据拆分 · 接头去除 · 低质量碱基过滤
测序数据预处理质控
18
比对与变异检测流程搭建
目标=参考基因组比对 · 去重 · 局部重比对
比对变异检测流程搭建
19
拷贝数变异与结构变异检测
目标=靶向测序深度信号归一化 · CNV检测算法 · 断点识别
拷贝数变异结构变异检测
20
变异注释与临床解读
目标=人群频率数据库 · 致病性预测工具 · ACMG指南应用
变异注释临床解读
21
肿瘤靶向测序应用
目标=体细胞突变检测 · 肿瘤突变负荷估算 · 微卫星不稳定性
肿瘤靶向测序应用目标=体细胞突变…
22
遗传病靶向测序应用
目标=胚系变异检测 · 孟德尔遗传病Panel设计 · 携带者筛查
遗传病靶向测序应…目标=胚系变异检…
23
病原微生物靶向测序应用
目标=病原体鉴定 · 耐药基因检测 · 分型与溯源
病原微生物靶向测…目标=病原体鉴定
24
药物基因组学靶向测序应用
目标=药物代谢酶基因 · HLA分型 · 稀有等位基因检测
药物基因组学靶向…目标=药物代谢酶…
25
靶向测序Panel验证与性能确认
目标=灵敏度 · 特异性 · 精密度
Panel靶向测序
26
实验室标准操作流程与质量管理
目标=SOP撰写 · 人员培训 · 仪器校准
实验室标准操作流…质量管理
27
靶向测序中的污染与假阳性控制
目标=气溶胶污染 · 索引跳跃 · 交叉污染
靶向测序污染
28
靶向测序数据管理与生物信息流程部署
目标=数据存储 · 隐私保护 · 流程版本控制
靶向测序数据管理生物信息流程部署
29
靶向测序成本控制与项目排期
目标=探针合成成本 · 测序数据量 · 实验批次
靶向测序成本控制项目排期
30
靶向测序技术前沿与课程综合实战
目标=单细胞靶向测序 · 空间靶向测序 · 长读长靶向测序
靶向测序技术前沿课程综合实战