VIP14
本课程属于：003-NGS测序与文库构建实验平台 生物技术_生物工程与智能实验室 · 共 14 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

测序实验批次效应与污染控制

共计 30 章节
可可资料掘金营 · 点击在线试看
01
课程导入与问题界定
目标=测序实验批次效应与污染控制的定… · 典型表现 · 对生物学结论的影响
课程导入问题界定
02
测序实验全流程中的批次来源
目标=样本采集 · 保存 · 核酸提取
测序实验全流程批次来源
03
污染类型与来源识别
目标=外源DNA/RNA污染 · 交叉污染 · 索引 hopping
污染类型来源识别
04
批次效应与污染的早期预警指标
目标=阴性对照 · 空白对照 · 重复样本
批次效应污染的早期预警指…
05
实验设计中的批次控制策略
目标=随机化 · 区组化 · 重复设计
实验设计批次控制策略
06
样本处理与核酸提取的标准化操作
目标=操作顺序 · 耗材与试剂分装 · 防污染操作
样本处理核酸提取的标准化…
07
文库构建中的批次与污染控制
目标=建库试剂批次 · index 选择 · PCR 循环数
文库构建批次
08
测序上机环节的批次管理
目标=flowcell/lane 分… · index 组合 · PhiX 添加
测序上机环节的批…flowcell/lan…
09
对照样本体系的设计与使用
目标=阴性对照 · 阳性对照 · 空白对照
对照样本体系的设…使用
10
测序数据预处理中的批次相关质控
目标=原始数据拆分 · index 校验 · 低质量过滤
测序数据预处理批次相关质控
11
批次效应的可视化诊断
目标=PCA · t-SNE/UMAP · 层次聚类
批次效应的可视化…PCA
12
批次效应的统计检验与量化
目标=方差分析 · PERMANOVA · 混合效应模型
批次效应的统计检…量化
13
污染检测的序列层面方法
目标=非目标物种比对 · 载体/接头/PhiX 筛查 · 微生物污染数据库比对与交叉污染识别
污染检测的序列层…目标=非目标物种…
14
基于阴性对照的污染定量
目标=背景序列扣除 · 污染比例估计 · 最大似然法与贝叶斯方法在污染率推断中…
基于阴性对照的污…目标=背景序列扣…
15
批次效应校正方法总览
目标=ComBat · limma removeBatchE… · RUV
批次效应校正方法…ComBat
16
污染序列去除与数据清洗
目标=decontam · 微生态污染过滤 · 宿主/环境序列剔除与保留真实低丰度信…
污染序列去除数据清洗
17
单细胞测序中的批次效应与污染控制
目标=细胞哈希 · 背景 RNA 去除 · 环境 RNA 校正与批次整合策略
单细胞测序批次效应
18
宏基因组与微生物组测序的批次与污染控制
目标=低生物量样本 · 试剂污染 · 交叉污染与去污染流程
宏基因组微生物组测序的批…
19
RNA-seq 与转录组中的批次效应控制
目标=建库批次 · 测序批次 · 降解影响与校正后差异表达分析的可靠性
RNA-seq转录组
20
表观组与基因组测序中的批次与污染问题
目标=ChIP-seq · ATAC-seq · WGS 中的批次来源
表观组基因组测序
21
实验记录与元数据管理
目标=批次信息 · 试剂批号 · 操作人员
实验记录元数据管理
22
实验室物理分区与防污染工程
目标=PCR 前区/后区 · 单向工作流 · 紫外/消毒
实验室物理分区防污染工程
23
试剂与耗材的质控与批次验证
目标=新批次试剂验收 · 背景检测 · 批间一致性评估与放行标准
试剂耗材的质控
24
自动化与液体处理中的批次一致性
目标=移液精度 · 交叉污染防控 · 自动化工作站程序验证与批次监控
自动化液体处理
25
批次效应与污染控制的标准操作程序
目标=SOP 编写 · 培训 · 执行监督
批次效应污染控制的标准操…
26
真实案例一
目标=低生物量微生物组测序中的试剂污…
真实案例一目标=低生物量微…
27
真实案例二
目标=多批次 RNA-seq 数据整…
真实案例二RNA-seq
28
真实案例三
目标=单细胞测序中环境 RNA 污染…
真实案例三RNA
29
真实案例四
目标=临床测序中交叉污染与索引 ho…
真实案例四ho
30
课程总结与综合实战
目标=从实验设计到数据校正的完整方案… · 结果汇报与质量控制体系建立
课程总结综合实战