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宏基因组测序实验工程

共计 30 章节
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01
宏基因组测序实验工程导论
目标=课程定位 · 实验工程全流程概览 · 核心交付物与质量目标
宏基因组测序实验…目标=课程定位
02
样本采集工程
目标=环境样本 · 宿主相关样本 · 极端生境样本的采集策略
样本采集工程目标=环境样本
03
样本预处理与保存
目标=均质化 · 分装 · 保护剂选择
样本预处理保存
04
核酸提取工程
目标=DNA提取方法选择 · 裂解效率优化 · 抑制剂去除与提取质量评估
核酸提取工程DNA
05
文库构建原理与选型
目标=片段化 · 末端修复 · 接头连接
文库构建原理选型
06
测序平台与读长策略
目标=二代短读长 · 三代长读长及混合测序在宏基因组中的适…
测序平台读长策略
07
测序深度与覆盖度设计
目标=基于群落复杂度 · 目标检出限和统计功效的实验参数计算
测序深度覆盖度设计
08
内参与标准品工程
目标=内标设计 · 外标加入 · 阳性对照与阴性对照的全程质控布局
内参标准品工程
09
低生物量样本实验工程
目标=污染控制 · 超净操作 · 试剂背景评估与去污染策略
低生物量样本实验…目标=污染控制
10
宿主DNA去除工程
目标=宿主占比评估 · 去宿主方法选择 · 效果验证与对微生物检出的影响
DNA宿主
11
rRNA去除与mRNA富集
目标=适用于宏转录组的实验路线 · 去除效率评估与建库衔接
rRNAmRNA
12
单细胞与低模板宏基因组
目标=微流控分选 · 多重置换扩增 · 单细胞建库与偏差控制
单细胞低模板宏基因组
13
病毒宏基因组实验工程
目标=病毒颗粒富集 · 核酸提取 · 随机扩增与宿主背景削减
病毒宏基因组实验…目标=病毒颗粒富…
14
质粒与可移动元件捕获
目标=质粒提取 · 外源核酸酶处理 · 捕获测序与实验验证
质粒可移动元件捕获
15
宏基因组测序上机工程
目标=簇生成 · 测序运行设置 · 实时监控与常见故障处理
宏基因组测序上机…目标=簇生成
16
原始数据质控工程
目标=碱基质量评估 · 接头去除 · 低质量过滤与宿主序列剔除
原始数据质控工程目标=碱基质量评…
17
组装前实验相关偏差校正
目标=GC偏差 · 覆盖不均 · 重复序列与实验批次效应识别
组装前实验相关偏…GC
18
宏基因组组装实验衔接
目标=组装策略选择 · 实验参数对组装连续性的影响与优化
宏基因组组装实验…目标=组装策略选…
19
分箱与基因组重构实验验证
目标=分箱质量评估 · 实验重复性验证与关键基因组确认
分箱基因组重构实验验…
20
功能注释实验支撑
目标=注释数据库选择 · 实验设计对功能检出的影响与验证方法
功能注释实验支撑目标=注释数据库…
21
菌株水平解析实验工程
目标=株水平分型 · SNP验证 · 实验重复与混合菌群模拟
菌株水平解析实验…目标=株水平分型
22
绝对定量宏基因组
目标=内标法定量 · qPCR验证 · 流式计数与绝对丰度换算
绝对定量宏基因组目标=内标法定量
23
时间序列与纵向实验设计
目标=采样频率 · 重复策略 · 批次平衡与动态变化检测
时间序列纵向实验设计
24
多组学整合实验工程
目标=宏基因组与宏转录组 · 宏蛋白组 · 代谢组的样本与实验协同
多组学整合实验工…目标=宏基因组
25
临床宏基因组实验工程
目标=病原检测 · 耐药基因分析 · 报告解读与临床验证路径
临床宏基因组实验…目标=病原检测
26
环境监测宏基因组实验工程
目标=水体 · 土壤 · 空气样本的标准化实验流程与指标构建
环境监测宏基因组…目标=水体
27
食品与工业宏基因组实验工程
目标=发酵体系 · 食品安全 · 益生菌检测与过程监控
食品工业宏基因组实验…
28
实验数据管理与可重复性
目标=LIMS系统 · 元数据标准 · 实验记录与结果可追溯
实验数据管理可重复性
29
实验成本与通量优化
目标=建库成本 · 测序成本 · 人力配置与高通量自动化方案
实验成本通量优化
30
宏基因组测序实验工程综合实战
目标=从样本到报告的全流程项目设计 · 执行与质量评审
宏基因组测序实验…目标=从样本到报…