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单细胞测序文库制备工程

共计 30 章节
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01
单细胞测序文库制备工程导论
目标=课程目标 · 单细胞测序技术发展脉络 · 文库制备在单细胞研究中的核心地位
单细胞测序文库制…目标=课程目标
02
单细胞分离与捕获技术
目标=微流控 · 微孔板 · 液滴法
单细胞分离捕获技术
03
单细胞裂解与核酸释放
目标=温和裂解与强裂解策略选择 · 蛋白酶K · 去污剂
单细胞裂解核酸释放
04
单细胞转录组文库制备原理
目标=Smart-seq · CEL-seq · Drop-seq
单细胞转录组文库…Smart-seq
05
单细胞DNA文库制备原理
目标=单细胞全基因组扩增 · MDA · MALBAC
DNA单细胞
06
单细胞表观组文库制备
目标=单细胞ATAC-seq · 单细胞甲基化测序 · 单细胞Hi-C
单细胞表观组文库…ATAC-seq
07
单细胞多组学文库制备
目标=转录组与表观组联合 · 转录组与蛋白组联合 · DNA与RNA共测序
单细胞多组学文库…目标=转录组
08
单细胞条形码与UMI工程
目标=条形码设计原则 · 纠错编码 · UMI长度与复杂度
UMI单细胞条形码
09
单细胞文库制备中的微流控芯片工程
目标=芯片材料与结构设计 · 液滴生成与融合 · 细胞与试剂共包裹
单细胞文库制备微流控芯片工程
10
单细胞文库制备中的试剂与耗材工程
目标=酶选择与优化 · 缓冲液体系 · 引物与dNTP质量
单细胞文库制备试剂
11
单细胞文库制备的自动化与通量提升
目标=自动化液体处理工作站 · 纳升级移液 · 微孔板与液滴并行处理
单细胞文库制备的…通量提升
12
单细胞文库制备的质控体系
目标=细胞活性与计数 · cDNA与扩增产物浓度 · 片段大小分布
单细胞文库制备的…目标=细胞活性
13
单细胞文库制备中的污染控制
目标=环境气溶胶 · 试剂交叉污染 · 索引跳跃
单细胞文库制备污染控制
14
单细胞文库制备的数据前处理与比对
目标=原始数据拆分 · barcode与UMI校正 · 比对与定量
单细胞文库制备的…比对
15
单细胞转录组文库制备实战
目标=从细胞分选到cDNA扩增 · 文库构建 · 测序前质控
单细胞转录组文库…cDNA
16
单细胞ATAC-seq文库制备实战
目标=细胞核提取 · 转座酶反应 · 片段扩增与纯化
ATAC-seq单细胞
17
单细胞全基因组文库制备实战
目标=单细胞裂解 · 全基因组扩增 · 文库构建与测序
单细胞全基因组文…目标=单细胞裂解
18
单细胞多组学文库制备实战
目标=多组学共测序方案选择 · 实验操作要点 · 数据拆分与整合分析
单细胞多组学文库…目标=多组学共测…
19
单细胞文库制备中的低输入与痕量样本处理
目标=微量RNA/DNA捕获 · 扩增前损失控制 · 载体RNA与线性扩增
单细胞文库制备低输入
20
单细胞文库制备中的冷冻与固定样本处理
目标=冷冻组织解离 · 固定与透化 · RNA完整性评估
单细胞文库制备冷冻
21
单细胞文库制备中的组织解离与细胞核制备
目标=解离酶选择 · 机械与酶解组合 · 细胞核提取
单细胞文库制备组织解离
22
单细胞文库制备中的稀有细胞与低丰度靶标
目标=稀有细胞富集 · 靶向捕获 · 信号放大
单细胞文库制备稀有细胞
23
单细胞文库制备中的长读长测序适配
目标=长读长平台对文库要求 · 全长转录本捕获 · 条形码与UMI兼容性
单细胞文库制备长读长测序适配
24
单细胞文库制备中的空间转录组关联
目标=空间条形码与单细胞文库的衔接 · 原位捕获与测序 · 空间与单细胞数据整合
单细胞文库制备空间转录组关联
25
单细胞文库制备的成本优化与规模化
目标=试剂国产化替代 · 微反应体积缩减 · 批次并行
单细胞文库制备的…规模化
26
单细胞文库制备的实验设计统计
目标=细胞数量与测序深度权衡 · 生物学重复与技术重复 · 批次效应控制
单细胞文库制备的…目标=细胞数量
27
单细胞文库制备的标准化与可重复性
目标=SOP制定 · 参考品与对照 · 跨平台比较
单细胞文库制备的…可重复性
28
单细胞文库制备的故障排除与优化
目标=常见失败模式 · 扩增失败 · barcode丢失
单细胞文库制备的…优化
29
单细胞文库制备的前沿技术进展
目标=新型微流控 · 组合索引 · 多模态条形码
单细胞文库制备的…目标=新型微流控
30
单细胞文库制备工程综合项目
目标=从实验设计 · 样本处理 · 文库构建
单细胞文库制备工…目标=从实验设计