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生物信息学与 AI 制药工程
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《图神经网络特征提取实战案例》
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图神经网络特征提取实战案例
共计 30 章节
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01
图神经网络概述
深度学习与图数据的交汇 · 图论基础回顾 · GNN的应用场景(推荐系统
图神经网络概述
深度学习
02
图数据表示
节点 · 边 · 邻接矩阵
图数据表示
节点
03
PyTorch与PyTorch Geometric环境搭建
安装配置 · 常用库简介 · 第一个图数据加载与可视化
PyTorch
Geometric
04
消息传递机制
GNN的核心范式——聚合 · 更新 · 消息函数
消息传递机制
GNN
05
图卷积网络(GCN)原理
Chebyshev近似 · 一阶近似 · GCN公式推导
GCN
图卷积网络
06
GCN实战——节点分类
加载Cora/Citeseer数据集 · 构建GCN模型 · 训练与评估
GCN
节点分类
07
图注意力网络(GAT)原理
自注意力机制 · 多头注意力 · 注意力系数计算
GAT
图注意力网络
08
GAT实战——节点分类与可视化
用GAT实现节点分类 · 注意力权重可视化(SVG绘制)
GAT
节点分类
09
GraphSAGE原理
邻居采样 · 聚合函数(Mean · LSTM
GraphSAGE
原理
10
GraphSAGE实战——大规模图节点分类
使用Reddit数据集 · mini-batch训练 · 性能对比
GraphSAGE
大规模图节点分类
11
门控图神经网络(Gated GNN)
GRU/ LSTM在图上的应用 · 序列生成任务
Gated
GNN
12
图同构网络(GIN)
WL测试 · 最大表达能力 · GIN架构设计
GIN
图同构网络
13
图池化与读出操作
全局池化(Mean · Max · Sum)
图池化
读出操作
14
图分类实战——分子性质预测
使用MUTAG/PROTEINS数据… · 完整的图分类流程
图分类实战
分子性质预测
15
边预测与链接预测
Encoder-Decoder框架 · 负采样 · 评价指标(AUC
边预测
链接预测
16
链接预测实战——社交网络推荐
使用Facebook/PPI数据集 · 预测用户间是否连接
链接预测实战
社交网络推荐
17
图生成模型简介
VAE在图上 · 分子生成 · GraphRNN
图生成模型简介
VAE
18
图自编码器(GAE)与变分图自编码器(VGAE)
重构损失 · 拉普拉斯分布 · 边生成
GAE
VGAE
19
图对抗防御
对抗攻击(拓扑扰动 · 特征篡改) · 防御方法(RGCN
图对抗防御
对抗攻击
20
GNN的解释性
GNNExplainer · 注意力解释 · 梯度归因
GNN
的解释性
21
图神经网络在推荐系统中的应用
PinSage · LightGCN · 用户-物品图构建
图神经网络
推荐系统
22
超图神经网络
超图定义 · 超图卷积 · 在医疗影像中的应用
超图神经网络
超图定义
23
异构图神经网络
HAN · HGT · 元路径
异构图神经网络
HAN
24
动态图神经网络
时间图定义 · TGAT · EvolveGCN
动态图神经网络
时间图定义
25
图神经网络与自然语言处理
文本分类中构建图 · 句法图 · 语义图
图神经网络
自然语言处理
26
图神经网络与计算机视觉
点云处理 · 场景图生成 · 图像节点的关系推理
图神经网络
计算机视觉
27
图神经网络的工程化与部署
ONNX导出 · TensorRT优化 · 模型量化
图神经网络的工程…
部署
28
GNN加速技巧
图采样 · 邻居缓存 · 分布式训练(DGL与PyG的分布式支…
GNN
加速技巧
29
图神经网络常见陷阱与调优
过平滑 · 欠平滑 · 梯度消失
图神经网络常见陷…
调优
30
综合实战项目——从零构建一个图学习系统
需求分析 · 数据预处理 · 模型选择
综合实战项目
从零构建一个图学…
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