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本课程属于：054-单细胞空间整合特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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发育生物学细胞空间轨迹重建教程

共计 30 章节

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发育生物学与细胞空间轨迹重建的基本概… · 研究意义与应用场景

课程概述发育生物学

发育生物学基础

细胞分化 · 命运决定与形态发生的基本原理

发育生物学基础细胞分化

单细胞转录组测序技术

scRNA-seq原理 · 建库方法与数据特点

单细胞转录组测序…scRNA-seq

空间转录组学技术

10x Visium · Slide-seq · MERFISH等原理与比较

空间转录组学技术Visium

细胞轨迹重建核心概念

伪时间 · 分化路径 · 分支点与发育时钟

细胞轨迹重建核心…伪时间

常用轨迹推断工具概览

Monocle · Slingshot · PAGA

常用轨迹推断工具…Monocle

数据预处理

质量控制（QC） · 标准化 · 归一化与batch效应校正

数据预处理QC

PCA · t-SNE · UMAP原理与实践

降维分析PCA

Louvain · Leiden算法在单细胞数据中的应用

聚类分析Louvain

差异表达分析

鉴定发育阶段特异基因与标记物

差异表达分析鉴定发育阶段特异…

基本使用 · 拟时间分析 · 分支检测与可视化

改进算法 · 支持空间数据与图学习

基于主曲线的轨迹推断与分支分析

Slingshot基于主曲线的轨迹…

基于图连通性与分区抽象图的轨迹重建

PAGA基于图连通性

RNA速率分析

基于剪接动力学推断细胞状态方向

RNA速率分析

细胞命运决策树与多分支推断方法。

细胞命运决策树与多分支推断方法 · 核心概念 · 实践要点

细胞命运决策树多分支推断方法

整合多模态数据

scRNA-seq与空间转录组联合分…

整合多模态数据scRNA-seq

空间变量基因与细胞通讯

区域内差异表达与配体-受体分析

空间变量基因细胞通讯

空间域与微环境

识别组织区域及细胞邻域特征

空间域微环境

基于深度学习的方法

VeloVAE · scVI · CellRank等

基于深度学习的方…VeloVAE

发育时序与细胞迁移轨迹

肿瘤 · 胚胎迁移等动态过程

发育时序细胞迁移轨迹

小鼠胚胎发育单细胞图谱案例

E9.5-E13.5全面分析

小鼠胚胎发育单细…E9.5-E13.5

人类早期胚胎发育

原肠胚 · 神经管形成等轨迹重建

人类早期胚胎发育原肠胚

斑马鱼发育轨迹重建

全胚胎单细胞时空图谱

斑马鱼发育轨迹重…全胚胎单细胞时空…

植物发育中的细胞轨迹

根尖 · 叶原基等分化路径

植物发育细胞轨迹

细胞重编程与转分化

iPSC诱导 · 直接重编程轨迹

细胞重编程转分化

疾病模型中的轨迹异常

癌症 · 发育障碍等

疾病模型轨迹异常

验证与可视化

生物学实验验证 · 基因调控网络推断

验证可视化

计算资源与工具链

Seurat · Scanpy · Python环境搭建

计算资源工具链

课程总结与未来展望

多组学整合 · 活体成像与AI新趋势

课程总结未来展望