VIP20
本课程属于：054-单细胞空间整合特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

单细胞空间数据QC实操技巧

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
单细胞空间数据概述
技术原理 · 常用平台（10x Visium · Slide-seq
单细胞空间数据概…技术原理
02
数据导入与格式转换
读取H5AD · Seurat对象 · SPATA2对象
数据导入格式转换
03
基本QC指标介绍
UMI计数 · 基因数 · 线粒体比例
QC基本
04
细胞过滤策略
基于UMI总数 · 检测基因数 · 线粒体比例的阈值设定
细胞过滤策略UMI
05
基因过滤策略
基于总表达量 · 表达细胞数的过滤方法
基因过滤策略基于总表达量
06
双细胞检测工具实战
DoubletFinder · scDblFinder在空间数据中的…
双细胞检测工具实…DoubletFinde…
07
EmptyDrops背景校正
区分真实细胞与空液滴的统计方法
EmptyDrops背景校正
08
线粒体基因比例控制
原理 · 阈值选择与可视化
线粒体基因比例控…原理
09
核糖体基因与假基因过滤
避免技术噪音影响分析
核糖体基因假基因过滤
10
UMI饱和度曲线绘制
评估测序深度是否足够
UMI度曲线绘制
11
空间点阵质量评估
基于组织覆盖 · 斑点大小的QC
空间点阵质量评估基于组织覆盖
12
组织区域分割与手动QC
利用H&E图像辅助去除边缘或坏死区域
QC组织区域分割
13
基于空间距离的异常点检测
识别远离组织区域的斑点
基于空间距离的异…识别远离组织区域…
14
基因表达空间分布检查
评估基因是否具有空间模式
基因表达空间分布…评估基因是否具有…
15
批次效应检测
PCA分析 · UMAP投影查看批次分布
批次效应检测PCA
16
批次效应校正方法
Harmony · Seurat CCA · scVI在空间数据中的应用
批次效应校正方法Harmony
17
数据归一化方法选择
LogNormalize · SCTransform · Linnorm等
数据归一化方法选…LogNormalize
18
高变基因选择
基于方差 · Fano因子或SPARK的方法
高变基因选择基于方差
19
降维前QC检查
消除线粒体/核糖体基因对降维的影响
QC降维前
20
聚类前的数据质控
检查细胞簇是否由技术变量驱动
聚类前的数据质控检查细胞簇是否由…
21
数据整合中的QC
评估整合后保留的生物变异
QC数据整合
22
细胞类型注释验证
利用空间位置一致性校验注释质量
细胞类型注释验证利用空间位置一致…
23
空间变量基因识别前的QC
筛选与空间结构相关的基因
QC空间变量基因识别…
24
细胞邻域分析前的数据过滤
避免稀疏矩阵带来的假阳性
细胞邻域分析前的…避免稀疏矩阵带来…
25
图像配准与组织学QC
确保基因表达与组织学图像对齐
QC图像配准
26
自动化QC流程搭建
使用Snakemake或Nextfl…
QC自动化
27
质量控制报告生成
利用R Markdown或Jupyt…
质量控制报告生成Markdown
28
常见问题与避坑指南
我的项目经验 · 内存不足 · 双细胞误判等
常见问题避坑指南
29
大内存数据性能优化
内存管理 · 分块处理 · 稀疏矩阵存储
大内存数据性能优…内存管理
30
结果解读与可视化
QC指标的多维度展示 · 帮助决策
结果解读可视化