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Nextflow自动化特征提取管道实战

共计 30 章节

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Nextflow简介与安装

什么是Nextflow · 为什么选择它 · 安装步骤（conda

Nextflow核心概念

进程（process） · 通道（channel） · 工作流（workflow）的语义与生…

Nextflow核心概念

配置Nextflow环境

nextflow.config基础 · 设置资源 · 队列

第一个Nextflow脚本

Hello World示例 · 理解 workflow {} 和 p…

Nextflow第一个

通道与数据输入

fromPath · fromFilePairs · fromList等通道创建

通道数据输入

进程定义与脚本编写

脚本块内的bash/python · input/output声明方式

进程定义脚本编写

进程输入与输出映射

映射规则 · 多输入多输出 · emit与take的配合

进程输入输出映射

条件执行（if/else） · 分支（branch） · 以及when语句

控制流if/else

循环与并行处理

对通道元素迭代 · each · mix

循环并行处理

DSL2模块的创建与复用 · include语句 · 模块参数化

参数化管道

使用params对象 · 命令行传递参数 · 参数默认值与校验

参数化管道params

nextflow.config示例（… · profile定义 · 资源分配

配置文件nextflow.con…

Docker与Singularity容器集成

在process中指定contain… · 使用DockerHub镜像 · 自定义Dockerfile

DockerSingularity

Conda环境管理

使用conda包管理器 · environment.yml配置 · 混合使用容器与conda

Conda环境管理

AWS云批量计算部署

配置AWS Batch · S3存储 · IAM角色

AWS云批量计算部署

本地执行与调试

使用-livereload · -test模式 · 日志查看

本地执行调试

特征提取概述

结构变异 · 基因表达 · 甲基化等特征类型

特征提取概述结构变异

处理FASTQ文件

使用FastQC · MultiQC进行质量控制 · 通道传递文件路径

比对与排序

集成BWA · STAR · Hisat2

FastQC · MultiQC集成 · 生成HTML报告

质量控制FastQC

featureCounts · HTSeq-count · 参数设置与输出矩阵

特征计数featureCount…

GATK流程（MarkDuplica… · HaplotypeCaller） · 过滤与注释

变异检测GATK

甲基化特征提取

Bismark比对 · MethylKit差异甲基化分析 · 输出CpG甲基化矩阵

甲基化特征提取Bismark

整合多个工具的输出

使用join · collect · groupTuple合并不同工具的结…

整合多个工具的输…join

结果聚合与报告生成

MultiQC聚合 · 编写自定义报告脚本（Python/R… · 输出CSV/JSON

结果聚合报告生成

管道测试与验证

编写测试脚本（nextflow ru… · 使用checkProcess检查输出

管道测试验证

性能优化与资源管理

并行度调优 · 缓存机制 · executor配置（local

性能优化资源管理

错误处理与重试机制

利用retry策略 · maxRetries · errorStrategy

错误处理重试机制

发布与共享管道

GitHub仓库结构 · nf-core模板 · 文档编写

发布共享管道

从原始测序数据到特征矩阵——完整管道… · 比对 · 计数

实战案例从原始测序数据到…