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Nextflow与GROMACS集成实战案例

共计 30 章节
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01
Nextflow简介
背景 · 核心概念（channel · process
Nextflow简介
02
Nextflow安装与环境配置
安装方式 · 版本管理 · 依赖检查
Nextflow安装
03
GROMACS简介
分子动力学模拟基础 · 常用命令 · 输入文件
GROMACS简介
04
GROMACS安装与测试
源码编译 · 容器化安装 · GPU支持验证
GROMACS安装
05
Nextflow基础语法
DSL2结构 · 参数定义 · 脚本片段
Nextflow基础语法
06
第一个集成管道
简单的GROMACS能量最小化步骤
第一个集成管道GROMACS
07
Nextflow通道（Channel）详解
值通道 · 文件通道 · 队列通道
NextflowChannel
08
文件管理与输入输出
使用file() · path() · collect等操作
文件管理输入输出
09
GROMACS命令封装
在process中调用gmx_mpi…
GROMACS命令封装
10
参数化设计
使用params · 配置文件（nextflow.conf…
参数化设计params
11
并行化策略
分块模拟 · 多任务并行 · map操作
并行化策略分块模拟
12
条件分支与错误处理
if-else · errorStrategy · retry机制
条件分支错误处理
13
资源管理
内存 · CPU · GPU的分配与监控
资源管理内存
14
容器化集成
Docker/Singularity…
容器化集成Docker/Singu…
15
管道模块化
子工作流（subworkflow） · 模块重用
管道模块化subworkflow
16
中间文件清理与暂存
publishDir · stageInMode · cleanup
间文件清理暂存
17
日志与可视化
trace报告 · timeline · dag图输出
日志可视化
18
远程执行与集群调度
SLURM · PBS · AWS Batch配置
远程执行集群调度
19
断点续传与重跑
resume · cache机制 · 指纹校验
断点续传重跑
20
多个力场参数设置
GROMACS topology与N…
多个力场参数设置GROMACS
21
并行模拟聚合分析
多副本跑完后合并结果（gmx clu…
并行模拟聚合分析gmx
22
GPU加速集成
在process中指定GPU资源 · CUDA环境
GPU加速集成
23
管道测试策略
使用check_process · assertion · 测试数据
管道测试策略check
24
生产级配置
日志级别 · 进程命名 · 错误邮件通知
生产级配置日志级别
25
结合conda环境
environment模块 · 保持依赖一致性
conda结合
26
大规模生产案例
全自动蛋白-配体模拟管道设计
大规模生产案例全自动蛋白
27
性能调优
进程数选择 · 缓存命中率 · IO优化
性能调优进程数选择
28
元数据管理
用注解（annotation）记录模…
元数据管理annotation
29
与CI/CD集成
GitHub Actions自动测试…
CI/CD集成
30
常见问题与调试
日志分析 · 进程锁死 · 磁盘空间不足
常见问题调试