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本课程属于：050-分子动力学特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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MD特征学习常见错误排查指南

共计 30 章节
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01
数据加载错误
文件格式不匹配 · 路径问题 · 编码错误导致无法读取轨迹或结构文件
数据加载错误文件格式不匹配
02
特征提取维度爆炸
未合理选择原子类型 · 未进行粗粒化导致特征维度过高引发内存…
特征提取维度爆炸未合理选择原子类…
03
坐标标准化缺失
未对轨迹进行RMSD对齐或平移旋转归… · 导致特征分布偏移
坐标标准化缺失RMSD
04
周期性边界处理错误
未正确应用最小镜像约定 · 导致相邻原子距离计算错误
周期性边界处理错…未正确应用最小镜…
05
缺失原子处理
体系中存在空位或残基缺失 · 未做插值或屏蔽导致特征断裂
缺失原子处理体系
06
时间窗口选择不当
滑动窗口过小导致特征噪声过大 · 过大则丢失动力学细节
时间窗口选择不当滑动窗口过小导致…
07
特征工程过拟合
手动构造过多特征而未做相关性分析 · 模型泛化能力下降
特征工程过拟合手动构造过多特征…
08
数据划分泄漏
训练集和测试集包含同一条轨迹的不同帧 · 导致评估指标虚高
数据划分泄漏训练集
09
标签构建错误
二分类时状态定义不清晰或过渡态样本被…
标签构建错误二分类时状态定义…
10
模拟参数不一致
训练与预测时输入力场参数 · 温度 · 压力不同导致特征分布飘移
模拟参数不一致训练
11
溶剂效应忽略
未显式考虑水分子或离子的影响 · 特征中缺失关键环境信息
溶剂效应忽略未显式考虑水分子…
12
力场转换错误
从OpenMM到GROMACS等格式…
力场转换错误OpenMM
13
缺失值处理不当
轨迹中断帧直接丢弃导致时间序列不连续 · 应使用插值或掩码
缺失值处理不当轨迹
14
特征缩放错误
未对不同尺度的特征（如角度 vs 距… · 影响优化收敛
特征缩放错误vs
15
批处理大小不合理
GPU显存不足时强行增大batch…
批处理大小不合理GPU
16
优化器超参数未调
学习率过大导致Loss震荡 · 过小则收敛缓慢
优化器超参数未调Loss
17
激活函数饱和
使用Sigmoid导致深层网络梯度消… · 应改用ReLU或GELU
激活函数饱Sigmoid
18
过拟合
小样本数据集使用复杂模型 · 未加Dropout或正则化
过拟合小样本数据集使用…
19
验证集分割不随机
交叉验证时来自同一轨迹的帧被分到不同… · 造成数据泄露
验证集分割不随机交叉验证时来自同…
20
损失函数选择错误
回归任务使用交叉熵 · 或分类任务使用MSE导致梯度不稳定
损失函数选择错误回归任务使用交叉…
21
模型保存加载版本不匹配
训练时使用TensorFlow 2.… · 推理用1.x导致图序列化失败
模型保存加载版本…TensorFlow
22
特征顺序敏感性
模型中未使用置换不变结构（如Tran…
特征顺序敏感性Tran
23
尺度敏感性
输入特征数值范围差异大（键角 vs…
尺度敏感性vs
24
多任务学习任务间冲突
同时预测能量和分类 · 不同loss权重未调优导致一方未收敛
多任务学习任务间…同时预测能量
25
数据增强不当
对轨迹帧随机旋转后未重新计算RMSD…
数据增强不当RMSD
26
图神经网络节点特征未归一化
节点度差异大时GAT权重不稳定
图神经网络节点特…GAT
27
可解释性分析不足
SHAP或注意力分数解读时忽略周期性…
可解释性分析不足SHAP
28
推理速度优化跳跃
直接使用训练时大模型进行在线模拟 · 未做量化或剪枝
推理速度优化跳跃直接使用训练时大…
29
环境依赖冲突
不同库（如rdkit · mdanalysis · pytorch）的Python版本不…
环境依赖冲突rdkit
30
部署前单元测试缺失
未对特征pipeline进行回归测试 · 上线后数据格式变化导致崩溃
部署前单元测试缺…pipeline