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本课程属于：050-分子动力学特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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GROMACS输出能量特征提取教程

共计 30 章节

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GROMACS简介与安装

GROMACS发展历史 · 主要功能 · 支持的文件格式

分子动力学模拟基础

力场 · 积分算法 · 周期性边界条件

分子动力学模拟基…力场

GROMACS模拟流程概述

拓扑文件 · 坐标文件 · 参数文件

GROMACS模拟流程概述

能量文件（.edr）格式解析

EDR文件结构 · 能量项索引 · 数据存储方式

edr能量文件

gmx energy命令基础用法

基本语法 · 交互式选择能量项 · 输出到文件

提取特定能量项

势能（Potential） · 动能（Kinetic） · 总能量（Total-Energy）

提取特定能量项Potential

提取温度、压力、密度等热力学性质

Temperature · Pressure · Density

提取温度压力

提取盒子尺寸和体积

Box-X · Box-Y · Box-Z

提取盒子尺寸体积

使用gmx dump查看能量信息

转储EDR内容 · 理解内部数据

批处理多个模拟的能量文件

Shell脚本循环 · 合并输出表格

批处理多个模拟的…Shell

使用Python读取.edr

MDAnalysis入门与安装

使用MDAnalysis读取能量数据

MDAnalysis.analysi…

MDAnalysis使用

使用MDAnalysis提取时间序列

获取特定能量项的轨迹数组

MDAnalysis使用

使用MDTraj读取能量数据

mdtraj.load_edr函数用…

使用MDTraj进行能量分析

提取 · 转换 · 统计

能量数据的预处理

缺失值处理 · 异常值检测 · 滑动平均平滑

能量数据的预处理缺失值处理

能量特征的统计提取

均值 · 方差 · 标准差

能量特征的统计提…均值

能量特征的时间序列分析

自相关函数 · 功率谱密度 · 趋势分解

能量特征的时间序…自相关函数

能量特征的频域分析

傅里叶变换 · 频带能量 · 主频提取

能量特征的频域分…傅里叶变换

基于能量特征的聚类分析

K‑means · 层次聚类 · DBSCAN

基于能量特征的聚…means

能量特征与结构变化的相关性

RMSD · 均方根涨落与能量项的关系

能量特征结构变化的相关性

构建能量特征矩阵用于机器学习

特征工程 · 标准化 · 数据集划分

构建能量特征矩阵…特征工程

监督学习中的能量特征选择

相关系数 · 互信息 · 特征重要性排序

监督学习能量特征选择

无监督学习

PCA降维能量特征 · t‑SNE可视化

无监督学习PCA

深度学习中的能量特征表示

自动编码器 · 特征嵌入

深度学习能量特征表示

能量特征的归一化与标准化

Z‑score · Min‑Max · RobustScaler

能量特征的归一化标准化

能量特征的可视化

时间演化折线图 · 直方图 · 箱线图

能量特征的可视化时间演化折线图

能量特征在蛋白质折叠分析中的应用

折叠路径的能量变化模式

能量特征蛋白质折叠分析

能量特征在配体结合自由能估算中的使用

MM‑PBSA/GBSA中的能量项

能量特征配体结合自由能估…

课程总结与扩展阅读

常见问题 · 推荐工具 · 进阶学习路线

课程总结扩展阅读