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实战案例：从原始质谱到AUC评估

共计 30 章节
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01
质谱基础
质谱原理 · 主要质谱类型 · 数据采集模式
质谱基础质谱原理
02
原始数据格式
mzML · mzXML · NetCDF等格式解析
原始数据格式mzML
03
Python环境搭建
Anaconda安装 · 质谱分析常用库（pyOpenMS · pymzml
Python环境搭建
04
数据导入实战
读取mzML文件 · 提取频谱 · 色谱图
数据导入实战mzML
05
数据可视化
TIC · XIC · MS1/MS2谱图绘制
数据可视化TIC
06
基线校正
局部最小值法 · 多项式拟合 · TopHat变换
基线校正局部最小值法
07
平滑去噪
Savitzky-Golay滤波 · 小波降噪 · 移动平均
平滑去噪Savitzky-Gol…
08
峰检测算法
阈值法 · 梯度法 · 连续小波变换（CWT）峰检测
峰检测算法阈值法
09
峰识别与拟合
高斯 · 洛伦兹 · Voigt拟合
峰识别拟合
10
保留时间对齐
动态时间规整 · LOESS回归 · 分段对齐
保留时间对齐动态时间规整
11
峰面积与AUC计算
数值积分（梯形法 · Simpson） · 峰积分边界确定
AUC峰面积
12
AUC标准化方法
内标法 · 总离子流归一化 · Z-score
AUC标准化方法
13
重复性评估
计算RSD · CV · 绘制QC样本的一致性
重复性评估RSD
14
缺失值处理
删除 · 填充（最小值 · KNN
缺失值处理删除
15
数据归一化与缩放
中位数归一化 · 分位数归一化 · log转换
数据归一化缩放
16
多组比较
t检验 · ANOVA · Wilcoxon检验
多组比较t检验
17
相关性与聚类分析
Pearson/Spearman相关… · 层次聚类 · 热图
相关性聚类分析
18
主成分分析（PCA）
降维 · 载荷图 · 得分图
PCA主成分分析
19
偏最小二乘判别分析（PLS-DA）
模型构建 · VIP值筛选
PLS-DA偏最小二乘判别分…
20
ROC曲线与AUC_ROC
从样本评分到ROC曲线绘制 · AUC计算与解读
ROCAUC
21
批量自动化处理
构建Pipeline · 多核心并行处理 · 结果汇总
批量自动化处理Pipeline
22
质量控制（QC）
QC样本 · 内标回收率 · 批次效应检测
QC质量控制
23
代谢组学数据库匹配
HMDB · METLIN · 精准质量与谱图匹配
代谢组学数据库匹…HMDB
24
蛋白质组学定量
label-free与TMT/iTR… · 肽段AUC对比
蛋白质组学定量label-free
25
标记物发现
Fold Change · p值 · AUC_ROC筛选
标记物发现Fold
26
结果报告生成
使用Python生成Word/PDF… · 表格与图表嵌入
结果报告生成Python
27
实战案例一
血清代谢组学数据全流程处理与AUC评…
实战案例一AUC
28
实战案例二
药物PK/PD中的质谱定量 · AUC与药物暴露计算
实战案例二PK/PD
29
扩展
深度学习辅助峰检测与AUC预测（U-…
扩展AUC
30
课程总结
常见坑点 · 最佳实践 · 工具链推荐
课程总结常见坑点