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SMILES解析与分子描述符提取

共计 30 章节
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01
SMILES简介与发展历史
SMILES简介与发展历史 · 核心概念 · 实践要点
SMILES简介
02
SMILES表示规则
原子 · 键 · 分支
SMILES表示规则
03
SMILES表示规则
环 · 电荷 · 同位素
SMILES表示规则
04
SMILES表示规则
立体化学 · 手性
SMILES表示规则
05
SMILES表示法中的特殊符号
SMILES表示法中的特殊符号 · 核心概念 · 实践要点
SMILES表示法
06
SMILES字符串的规范化（Canonical SMILES）
SMILES字符串的规范化（Canoni… · 核心概念 · 实践要点
SMILESCanonical
07
SMILES与分子结构的相互转换
SMILES与分子结构的相互转换 · 核心概念 · 实践要点
SMILES分子结构的相互转…
08
常用化学信息学工具介绍（RDKit、OpenBabel等）
常用化学信息学工具介绍（RDKit · 核心概念 · 实践要点
RDKitOpenBabel
09
Python环境搭建与RDKit安装
Python环境搭建与RDKit安装 · 核心概念 · 实践要点
PythonRDKit
10
使用RDKit解析SMILES得到Mol对象
使用RDKit解析SMILES得到Mol… · 核心概念 · 实践要点
RDKitSMILES
11
从Mol对象获取原子信息（原子数、原子类型等）
从Mol对象获取原子信息（原子数 · 核心概念 · 实践要点
Mol对象获取原子信息
12
从Mol对象获取键信息（键序、环信息等）
从Mol对象获取键信息（键序、环信息等） · 核心概念 · 实践要点
Mol对象获取键信息
13
分子属性
分子量 · LogP · 氢键供体/受体
分子属性分子量
14
分子描述符概述与分类
分子描述符概述与分类 · 核心概念 · 实践要点
分子描述符概述分类
15
拓扑描述符
分子量 · 原子数 · 键数
拓扑描述符分子量
16
拓扑描述符
分子表面积 · 体积
拓扑描述符分子表面积
17
拓扑描述符
分子柔性 · 旋转键数
拓扑描述符分子柔性
18
拓扑描述符
分子极性表面积（TPSA）
拓扑描述符TPSA
19
拓扑描述符
分子折射率 · 摩尔折射
拓扑描述符分子折射率
20
拓扑描述符
分子疏水参数（LogP）的计算
拓扑描述符LogP
21
电子描述符
电荷 · 极化率
电子描述符电荷
22
电子描述符
HOMO/LUMO能级（基于QM/D…
电子描述符HOMO/LUMO
23
几何描述符
分子形状 · 长宽比
几何描述符分子形状
24
几何描述符
分子椭球参数
几何描述符分子椭球参数
25
指纹描述符
MACCS指纹
指纹描述符MACCS
26
指纹描述符
Morgan指纹（ECFP）
指纹描述符Morgan
27
指纹描述符
特征指纹与相似性计算
指纹描述符特征指纹
28
分子描述符的标准化与缩放
分子描述符的标准化与缩放 · 核心概念 · 实践要点
分子描述符的标准…缩放
29
分子描述符在QSAR/QSPR中的应用
分子描述符在QSAR/QSPR中的应用 · 核心概念 · 实践要点
QSAR/QSPR分子描述符
30
分子描述符提取实战
从SMILES到特征矩阵
分子描述符提取实…SMILES