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本课程属于：045-AI药物发现特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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分子图构建与特征表示实战教程

共计 30 章节
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01
分子图基础概念
什么是分子图 · 原子与键的图表示 · 分子图的数学定义与应用场景
分子图基础概念什么是分子图
02
化学信息学工具初探
RDKit安装与配置 · SMILES与InChI表示法 · 简单分子读取与输出
化学信息学工具初…RDKit
03
分子图数据表示
原子特征（原子类型 · 杂化 · 电荷）
分子图数据表示原子特征
04
RdKit分子对象操作
Chem.MolFromSmiles · Chem.MolToSmiles · 分子属性获取
RdKit分子对象操作
05
分子图可视化
Draw.MolToImage · 2D坐标生成 · 高亮子结构
分子图可视化Draw.MolToIm…
06
分子图标准化与清洗
去除溶剂 · 中和电荷 · 标准化学套路
分子图标准化清洗
07
分子图特征工程
ECFP指纹 · MACCS键 · 特征向量化
分子图特征工程ECFP
08
图数据结构构建
NetworkX基础 · 构建节点与边 · 分子从RdKit到NetworkX的…
图数据结构构建NetworkX
09
PyTorch Geometric入门
安装与配置 · Data对象 · Batch处理
PyTorchGeometric
10
DGL图库入门
DGLGraph构建 · 节点与边特征 · 分子图批量转化
DGL图库入门
11
分子图特征标准化
特征归一化 · 独热编码 · 特征选择与降维
分子图特征标准化特征归一化
12
分子图的拓扑性质
度分布 · 路径长度 · 环检测
分子图的拓扑性质度分布
13
分子图核方法
Weisfeiler-Lehman子… · 图核计算 · 分子相似性矩阵构建
分子图核方法Weisfeiler-L…
14
消息传递范式
消息传递神经网络(MPNN)原理 · 聚合与更新函数 · 经典MPNN实现
消息传递范式MPNN
15
图卷积网络(GCN)
GCNConv公式解读 · 堆叠GCN层 · 分子属性预测初体验
GCN图卷积网络
16
图注意力网络(GAT)
GATv2Conv · 多头注意力 · 边上的注意力
GAT图注意力网络
17
门控图神经网络(GGNN)
GRU门控机制 · 时间步迭代 · 分子动力学模拟中的图应用
GGNN门控图神经网络
18
3D分子图构建
从SDF文件读取3D坐标 · 空间距离特征 · 角度与二面角编码
3D分子图构建SDF
19
等变图神经网络
SE(3)等变性质 · Tensor Field Netwo… · EGNN实现与分子能量预测
等变图神经网络SE
20
分子图生成模型
VAE图生成 · MolGAN · 基于流的分子生成
分子图生成模型VAE
21
分子图对比学习
InfoGraph · GraphCL · 分子无监督预训练
分子图对比学习InfoGraph
22
分子图数据增强
节点扰动 · 边扰动 · 子图采样
分子图数据增强节点扰动
23
大规模分子图处理
ChEMBL · ZINC · PubChem数据下载
大规模分子图处理ChEMBL
24
图神经网络可解释性
GNNExplainer · 集成梯度 · 注意力权重可视化
图神经网络可解释…GNNExplainer
25
分子图属性预测实战
溶解度(logS)预测 · 毒性预测 · 药物-靶标亲和力预测完整流程
分子图属性预测实…logS
26
分子图匹配与检索
基于图的分子相似性搜索 · 图同构测试 · 最大公共子图算法
分子图匹配检索
27
分子图与分子动力学结合
从MD轨迹构建时间序列图 · 动态键分析 · 构象图嵌入
分子图分子动力学结合
28
异构图与多模态分子表示
原子-键-官能团分层图 · 图+序列融合 · SMILES+Graph双流模型
异构图多模态分子表示
29
分子图模型部署
ONNX导出 · TorchScript序列化 · REST API服务
分子图模型部署ONNX
30
分子图项目实战演练
从头构建一个分子性质预测系统 · 包括数据清洗 · 图构建
分子图项目实战演…从头构建一个分子…