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本课程属于：043-蛋白结构预测特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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PDB文件解析与特征提取

共计 30 章节
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01
PDB文件格式基础
PDB文件的历史 · 用途 · 结构解析
PDB文件格式基础
02
PDB文件下载与数据库
RCSB PDB数据库 · 下载方式 · 批处理
PDB文件下载
03
BioPython入门
安装BioPython · 读取PDB文件的基本方法
BioPython安装
04
PDB文件解析（一）
原子记录 · 坐标 · 元素信息提取
PDB文件解析
05
PDB文件解析（二）
残基序列 · 链标识 · 模型编号
PDB文件解析
06
PDB数据结构
SMCRA层次模型（结构 · 模型 · 链
PDB数据结构
07
二级结构解析
DSSP算法简介与在Python中的…
二级结构解析DSSP
08
溶剂可及性表面积（SASA）
Shrake-Rupley算法与计算…
SASA溶剂可
09
二面角计算
phi/psi残基角度提取与拉氏图绘…
二面角计算phi/psi
10
氨基酸组成分析
统计残基频率 · 属性分类
氨基酸组成分析统计残基频率
11
距离矩阵
Cα原子间距离计算与可视化
距离矩阵Cα原子间距离计…
12
接触图构建
基于距离阈值的残基-残基接触定义
接触图构建基于距离阈值的残…
13
氢键检测
主链 · 侧链氢键的几何判定
氢键检测主链
14
键长、键角、扭转角统计
从原子坐标计算几何参数
键长键角
15
水分子与配体处理
提取结晶水 · 小分子配体信息
水分子配体处理
16
多构象模型解析
NMR结构集合的读取与平均结构计算
多构象模型解析NMR
17
结构比对基础
TM-score · RMSD计算与Python接口
结构比对基础TM-score
18
特征向量化
将结构转化为固定长度数值特征
特征向量化将结构转化为固定…
19
机器学习特征工程
基于PDB的特征筛选与归一化
机器学习特征工程PDB
20
结构质量评估
拉氏图 · z-score · 拉氏分布验证
结构质量评估拉氏图
21
结构域划分
基于图论或进化信息的域识别
结构域划分基于图论或进化信…
22
表面静电势
APBS/PDB2PQR与泊松-玻尔…
表面静电势APBS/PDB2PQR
23
蛋白质-蛋白质界面特征
界面残基 · 面积 · 能量
蛋白质蛋白质界面特征
24
蛋白质-配体结合位点特征
形状 · 疏水性 · 氢键供体/受体
蛋白质配体结合位点特征
25
动态结构特征
分子动力学模拟轨迹的后处理与提取
动态结构特征分子动力学模拟轨…
26
结构聚类算法
DBSCAN · 层次聚类在结构空间中的应用
结构聚类算法DBSCAN
27
大规模批量处理
多进程/并行解析PDB文件与特征提取
大规模批量处理PDB
28
PDB文件错误处理
缺失原子 · 异常残基 · 修正技巧
PDB文件错误处理
29
特征存储与格式
HDF5 · NumPy数组 · CSV导出
特征存储格式
30
课程实战项目
从PDB数据到机器学习模型的全流程实…
课程实战项目PDB