VIP20
本课程属于：043-蛋白结构预测特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

PDB数据清洗与特征对齐实操

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
PDB文件格式总览
历史背景 · 记录类型（ATOM · HETATM
PDB文件格式总览
02
PDB文件解析基础
使用Biopython的PDBPar… · 处理常见异常
PDB文件解析基础
03
链与残基的提取与筛选
按链ID · 残基名 · 序号过滤
残基的提取筛选
04
缺失原子处理
识别缺失主链/侧链原子 · 补全策略（PULCHRA · Modeller）
缺失原子处理识别缺失主链
05
水分子与溶剂去除
根据残基名（HOH）与距离阈值批量删…
水分子溶剂去除
06
配体与小分子处理
识别配体 · 拆分共价修饰 · 保留合理水合配体
配体小分子处理
07
非标准残基修正
识别异常密码体 · 修改为标准残基名（如MSE→MET）
非标准残基修正识别异常密码体
08
蛋白质链连续性检查
根据缺失残基索引重新编号 · 标记gap区域
蛋白质链连续性检…根据缺失残基索引…
09
对称性评估与生物组装生成
读取BIOMT记录 · 生成生物学功能寡聚体
对称性评估生物组装生成
10
同源多聚体对称性对齐
基于旋转矩阵计算对称变换 · 输出完整组装
同源多聚体对称性…基于旋转矩阵计算…
11
结构清洗综合流程
缺失填充 · 配体分离 · 链命名
结构清洗综合流程缺失填充
12
PDB到mmCIF格式转换
理解mmCIF结构 · 利用Biopython处理大文件
PDBmmCIF
13
特征工程概述
从结构到数值特征 · 常用特征类型（几何 · 能量
特征工程概述从结构到数值特征
14
氨基酸理化属性编码
体积 · 疏水性 · 带电性
氨基酸理化属性编…体积
15
主链二面角特征（Phi/Psi）
使用DSSP/Dynamo计算拉式图…
Phi/Psi主链二面角特征
16
侧链旋转异构体分析
计算Chi角 · 与Ponder库比较 · 提取柔韧性特征
侧链旋转异构体分…Chi
17
残基可及表面积（ASA）
通过NACCESS/FreeSASA… · 区分极性与非极性
ASA残基可
18
深度与残基包埋程度
计算Cα与表面距离 · 定义溶剂可及深度
深度残基包埋程度
19
静电势与氢键网络
使用APBS/PBF计算泊松-玻尔兹… · HBuild识别氢键
静电势氢键网络
20
残基对空间距离矩阵
提取Cα-Cα距离 · 重原子最小距离 · 构建接触图
残基对空间距离矩…提取Cα
21
序列与结构保守性
基于MSA计算保守分数（Jensen…
序列结构保守性
22
二硫键与特殊共价键识别
根据S-S距离与能量判断 · 提取键型特征
二硫键特殊共价键识别
23
金属离子配位分析
根据残基侧链与金属的配位几何（距离 · 角度）生成特征
金属离子配位分析根据残基侧链
24
结构域与功能域分割
利用DALI/3D比对或进化信息划分…
结构域功能域分割
25
结构对齐基础
使用TM-align/CE算法进行结… · 计算RMSD/TM-score
结构对齐基础TM-align/CE
26
多结构对齐与核心残基提取
基于多序列-结构联合对齐 · 提取保守骨架
多结构对齐核心残基提取
27
特征对齐策略
基于序列对齐（Smith-Water…
特征对齐策略Smith-Water
28
基于结构的局部特征融合
将残基特征按空间邻域聚合为点云特征
基于结构的局部特…将残基特征按空间…
29
大规模PDB批量处理
并行读取 · 清洗 · 特征提取流水线（Python+Bio…
PDB大规模
30
综合实战案例
从PDB ID到特征矩阵的完整流程（…
综合实战案例PDB