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生物信息学与 AI 制药工程
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043-蛋白结构预测特征学习任务
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《MSA特征提取优化技巧》
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MSA特征提取优化技巧
共计 30 章节
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01
MSA基础
什么是多头自注意力机制及其在特征提取…
MSA
什么是多头自注意…
02
自注意力原理
Query · Key · Value的矩阵计算与特征映射
自注意力原理
Query
03
多头机制详解
多头分割 · 拼接 · 线性变换与特征增强
多头机制详解
多头分割
04
MSA特征提取流程
从输入到输出的特征向量提取方法
MSA
特征提取流程
05
注意力权重可视化
如何获取并利用注意力矩阵作为特征
注意力权重可视化
如何获取并利用注…
06
特征聚合技巧
全局平均池化 · CLS token · 序列池化等
特征聚合技巧
全局平均池化
07
计算复杂度分析
O(n^2)问题与优化方向
计算复杂度分析
O
08
稀疏注意力机制
局部窗口 · 全局稀疏 · 带状稀疏
稀疏注意力机制
局部窗口
09
线性注意力
采用核函数或近似方法降低复杂度
线性注意力
采用核函数或近似…
10
FlashAttention原理
分块计算与显存优化
FlashAttenti…
原理
11
FlashAttention实践
使用CUDA kernel加速训练
FlashAttenti…
CUDA
12
变长序列处理
padding · mask与batching优化
变长序列处理
padding
13
混合精度训练
FP16 · BF16对MSA的影响与scale调…
混合精度训练
FP16
14
梯度检查点
在前向中丢弃中间激活 · 反向重新计算
梯度检查点
前向
15
分布式训练中的MSA
张量并行 · 序列并行 · 流水线并行
MSA
分布式训练
16
内存优化
重计算 · 激活压缩 · 显存池化
内存优化
重计算
17
模型剪枝在MSA中的应用
减少头数 · 稀疏化权重
MSA
模型剪枝
18
知识蒸馏
利用大模型MSA特征指导小模型
知识蒸馏
MSA
19
多Query注意力(MQA)与分组查询注意力(GQA)
多Query注意力(MQA)与分组查询注… · 核心概念 · 实践要点
Query
MQA
20
局部感知MSA
卷积局部增强 · 相对位置编码
MSA
局部感知
21
位置编码对特征提取的影响
绝对 · 相对 · 旋转位置编码
位置编码对特征提…
绝对
22
初始化策略
MSA层的权重初始化与方差调整
初始化策略
MSA
23
正则化技巧
Dropout · Stochastic Depth · Layer Normalizatio…
正则化技巧
Dropout
24
学习率调度
warmup · cosine退火 · 针对MSA的调参
学习率调度
warmup
25
特征归一化
LayerNorm · BatchNorm在MSA中的选择
特征归一化
LayerNorm
26
融合算子
将MSA与FFN合并kernel · Fused attention
融合算子
MSA
27
自定义CUDA扩展
编写高效的MSA kernel
CUDA
自定义
28
时序模型中的MSA
因果掩码 · 自回归优化
MSA
时序模型
29
可解释性分析
通过MSA特征进行模型解释
可解释性分析
MSA
30
实战案例
在ViT · BERT等模型中应用优化技巧
实战案例
ViT
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