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本课程属于：043-蛋白结构预测特征学习任务 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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MSA构建与特征提取实战教程

共计 30 章节

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概念 · 发展历史 · 应用场景与课程目标

序列比对原理

全局比对与局部比对 · 动态规划算法

序列比对原理全局比对

Needleman-Wunsch算法

算法推导与Python实现

Needleman-Wu…算法

Smith-Waterman算法

局部比对原理与代码实战

Smith-Waterm…算法

启发式比对

BLAST与FASTA算法简介

启发式比对BLAST

多序列比对核心算法

渐进比对与迭代比对

多序列比对核心算…渐进比对

安装 · 命令行使用与参数调优

快速比对工具安装与实战

MUSCLE快速比对工具安装

高精度比对工具的使用技巧

MAFFT高精度比对工具的…

一致性比对的原理与操作

T-Coffee一致性比对的原理

Biopython基础

序列对象与文件解析

Biopython序列对象

Biopython调用MSA工具

运行Clustal · MUSCLE等

MSA结果格式

FASTA · CLUSTAL · Stockholm

MSA结果格式

Jalview的安装与交互式编辑

序列特征提取概述

保守性 · 熵 · PSSM

序列特征提取概述保守性

保守性得分计算

多序列比对中的一致性打分

保守性得分计算多序列比对

序列熵与信息量

Shannon熵与相对熵

序列熵信息量

位置特异性得分矩阵(PSSM)

构建方法与生物学意义

PSSM位置特异性得分矩…

隐马尔可夫模型(HMM)

模型结构与HMMER工具

HMM隐马尔可夫模型

Biopython特征提取

序列保守性 · 熵值与PSSM

Biopython特征提取

Biopython序列Logo生成

使用WebLogo与Python绘制

基于MSA的系统发育分析

距离矩阵与建树原理

Neighbor-Joining算法

原理与Biopython实现

Neighbor-Joi…算法

最大似然法(ML)

RAxML与IQ-TREE快速入门

ML最大似然法

蛋白质家族MSA构建与保守区域识别

RNA二级结构预测中的MSA辅助分析

基于MSA的特征提取用于蛋白质分类模…

大规模MSA自动化流程

MSA与深度学习结合

常用资源 · 常见问题与进阶方向

课程总结常用资源