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EvoFormer特征机制从入门到实践

共计 30 章节
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01
课程导论
AlphaFold2整体架构概览 · EvoFormer在其中的核心地位 · 特征机制的基本概念
课程导论AlphaFold2
02
序列与MSA基础
多序列比对（MSA）的概念 · HHSearch/Jackhmmer… · MSA的存储与表示
MSA序列
03
特征提取原理
从原始序列和模板中提取特征 · One-hot编码 · 位置特异性得分矩阵（PSSM）
特征提取原理从原始序列
04
Pair Representation
残基对特征的定义与作用 · 初始Pair特征的构建方式（距离 · 序列分离等）
PairRepresentati…
05
EvoFormer Block概览
EvoFormer的模块化设计 · MSA Representation…
EvoFormerBlock
06
MSA Row Attention
注意力机制在MSA行上的运算 · 用于捕捉序列间共进化信息
MSARow
07
MSA Column Attention
跨列（残基位置）的注意力 · 捕获残基保守性模式
MSAColumn
08
Pairwise Attention（Triangle Attention）
三角注意力机制原理 · 为什么用三角形双向更新
PairwiseAttention
09
Transition层
MLP在MSA和Pair路径中的作用 · 特征非线性变换
TransitionMLP
10
Outer Product Mean
如何将Pair特征通过外积合并到MS… · 实现信息交互
OuterProduct
11
整体信息流图解
EvoFormer Block中数据… · MSA→Pair→MSA的循环
整体信息流图解EvoFormer
12
Template特征集成
模板蛋白质结构的提取与嵌入 · 如何与MSA特征融合
Template特征集成
13
Extra MSA特征处理
额外大MSA的压缩与特征降维技巧
ExtraMSA
14
Positional Encoding
残基位置编码（相对/绝对位置）在Ev…
PositionalEncoding
15
Dropout与正则化
EvoFormer中使用的Dropo… · 防止过拟合
Dropout正则化
16
激活函数与层归一化
ReLU/GELU选择 · LayerNorm在特征空间中的作用
激活函数层归一化
17
自蒸馏训练技巧
EvoFormer如何利用自蒸馏提升…
自蒸馏训练技巧EvoFormer
18
代码实战环境搭建
安装OpenFold/JAX/Alp… · 配置GPU环境
代码实战环境搭建OpenFold/JAX…
19
特征数据预处理
使用alphafold/common…
特征数据预处理alphafold/co…
20
从零实现EvoFormer Block（一）
定义MSA和Pair张量 · 实现RowAttention
EvoFormerBlock
21
从零实现EvoFormer Block（二）
实现ColumnAttention与…
EvoFormerBlock
22
从零实现EvoFormer Block（三）
实现TriangleAttentio…
EvoFormerBlock
23
整合完整EvoFormer Stack
循环调用Block · 构建完整特征编码器
EvoFormerStack
24
特征可视化
用热力图展示MSA注意力权重 · 对比不同Block的Pair特征演化
特征可视化MSA
25
调优实践
Batch Size · 学习率 · 初始化策略对EvoFormer特征收…
调优实践Batch
26
性能优化
JIT编译 · 混合精度训练 · 张量分片以加速EvoFormer
性能优化JIT
27
常见问题与调试
梯度爆炸 · NaN特征 · 注意力不收敛的排查方法
常见问题调试
28
EvoFormer变体
从AlphaFold2到AlphaF…
EvoFormer变体
29
下游任务应用
如何将EvoFormer提取的特征用… · 对接等场景
下游任务应用EvoFormer
30
总结与展望
EvoFormer特征机制在AI f… · 未来研究方向
EvoFormerAI