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残基接触图特征可视化教程

共计 30 章节
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01
残基接触图基础
定义 · 生物学意义 · 应用领域
残基接触图基础定义
02
蛋白质结构基础
残基 · 氨基酸 · 三级结构
蛋白质结构基础残基
03
距离矩阵与接触图
从三维坐标到接触图的计算
距离矩阵接触图
04
Python环境搭建
安装Python · NumPy · Matplotlib等
Python环境搭建
05
读取PDB文件
使用Biopython解析PDB结构
PDB读取
06
计算残基间距离
欧氏距离 · 最小距离
计算残基间距离欧氏距离
07
定义接触阈值
距离阈值的选择与影响
定义接触阈值距离阈值的选择
08
生成接触矩阵
二维数组表示接触图
生成接触矩阵二维数组表示接触…
09
基础可视化
使用Matplotlib绘制接触图热…
基础可视化Matplotlib
10
颜色映射
选择颜色方案 · 归一化
颜色映射选择颜色方案
11
添加残基标签
显示残基编号和名称
添加残基标签显示残基编号
12
交互式可视化
使用Plotly创建可缩放热图
交互式可视化Plotly
13
子图与多图
同时显示多个接触图比较
子图多图
14
保存图像
高质量输出 · 矢量图格式
保存图像高质量输出
15
特征提取（一）
接触数 · 接触密度
特征提取接触数
16
特征提取（二）
二级结构偏好 · 接触模式
特征提取二级结构偏好
17
特征提取（三）
进化保守性结合接触图
特征提取进化保守性结合接…
18
机器学习应用
使用接触图特征预测蛋白功能
机器学习应用使用接触图特征预…
19
深度学习入门
卷积神经网络处理接触图
深度学习入门卷积神经网络处理…
20
图神经网络
将接触图视为图结构
图神经网络将接触图视为图结…
21
可视化增强
添加二级结构注释条
可视化增强添加二级结构注释…
22
动态接触图
分子动力学轨迹的接触变化
动态接触图分子动力学轨迹的…
23
多聚体接触图
链间接触图
多聚体接触图链间接触图
24
接触图对齐
比较不同构象的接触图
接触图对齐比较不同构象的接…
25
使用PyMOL交互式显示
在三维结构上映射接触
PyMOL使用
26
网络工具
在线接触图服务器使用
网络工具线接触图服务器使…
27
性能优化
大数据量接触图加速
性能优化大数据量接触图加…
28
案例实战（一）
酶活性位点接触分析
案例实战酶活性位点接触分…
29
案例实战（二）
蛋白质-配体相互作用接触图
案例实战蛋白质
30
总结与展望
接触图在结构生物学中的未来
接触图结构生物学