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本课程属于：040-化合物生成模型批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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SMILES序列批次差异分析案例

共计 30 章节
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01
SMILES表示法基础
分子结构编码规则 · 线性表示 · 规范SMILES
SMILES表示法基础
02
化学信息学环境搭建
Python库安装 · RDKit配置 · Jupyter环境
化学信息学环境搭…Python
03
RDKit分子操作
分子读取与写入 · 子结构搜索 · 分子绘图
RDKit分子操作
04
SMILES字符串解析
语法校验 · 标准格式转换 · 错误处理
SMILES字符串解析
05
分子指纹计算
ECFP4 · FCFP6 · 哈希指纹
分子指纹计算ECFP4
06
分子描述符
理化性质 · 拓扑描述符 · 3D描述符
分子描述符理化性质
07
数据预处理
SMILES标准化 · 去重 · 去溶剂化
数据预处理SMILES
08
批次效应概念
定义 · 来源 · 常见场景
批次效应概念定义
09
批次差异检测方法
统计检验 · 距离度量
批次差异检测方法统计检验
10
PCA批次可视化
主成分投影 · 颜色标记批次
PCA批次可视化
11
t-SNE与UMAP
非线性降维批次观察
t-SNEUMAP
12
ComBat批次校正
算法原理 · Python实现
ComBat批次校正
13
VAE批次反混杂
变分自编码器 · 对抗学习
VAE批次反混杂
14
分子相似性分析
Tanimoto系数 · 相似性矩阵
分子相似性分析Tanimoto
15
批次差异量化指标
KS统计量 · F统计量
批次差异量化指标KS
16
案例
PubChem数据批次探索：数据下载 · 批次划分
案例PubChem
17
案例
ChEMBL批次效应：活性数据 · 分子多样性
案例ChEMBL
18
案例
分子活性预测：模型训练 · 批次交叉验证
案例分子活性预测
19
案例
跨批次泛化：训练集/测试集批次不一致
案例跨批次泛化
20
案例
生成模型批次敏感性
案例生成模型批次敏感…
21
特征选择
方差过滤 · 互信息 · 批次相关特征
特征选择方差过滤
22
表示学习
域适应 · 对抗训练 · 不变表示
表示学习域适应
23
多批次整合
Harmonization方法 · Merge策略
多批次整合Harmonizatio…
24
工具包开发
批处理函数 · 模块化设计
工具包开发批处理函数
25
自动化报告
结果汇总 · 图表生成
自动化报告结果汇总
26
可视化
箱线图 · 热图 · 密度分布
可视化箱线图
27
统计检验
置换检验 · 多重比较校正
统计检验置换检验
28
实战
药物筛选数据：活性分类 · 批次校正效果
药物筛选数据活性分类
29
实战
代谢组学数据：SMILES片段分析 · 批次效应
SMILES代谢组学数据
30
总结与展望
批处理最佳实践 · 未来方向
批处理最佳实践未来方向